Molecular Detection of Newcastle Disease Virus Directly from Chicken Organ Samples Suspected with Newcastle Disease Using The Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction

LEHGARUBINI, SHANMUGANATHAN, Dr. drh. Michael Haryadi Wibowo, M.P.

2016 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Penyakit Newcastle Disease adalah penyakit virus yang mempengaruhi produksi unggas komersial di Indonesia. Diagnosis melalui isolasi virus dan karakterisasi berikutnya dengan tes serologi memiliki keterbatasan. Penelitian ini bertujuan mendeteksi NDV pada ayam yang dicurigai dengan penyakit Newcastle Disease dengan menggunakan teknik RT-PCR. Sembilan sampel organ ayam seperti lien, trakea dan paru-paru yang terkoleksi dari ayam peternakan yang divaksinasi digunakan dalam penelitian ini. Sampel tersedia dimurnikan menggunakan QIAamp RNA kit untuk mengekstrak RNA virus yang ada pada sampel. Sampel ekstraksi RNA akhir ditempatkan ke dalam tabung sampel PCR dan ditambahkan dengan larutan mastermix hasil desain Angeliya et al. (2014), yang mengandung primer spesifik menargetkan genom fragmen NDV berukuran 565 base pairs (bp). Tabung PCR ditempatkan di mesin T100TM Thermal Cycler PCR dan dilakukan sequencing melalui siklus denaturasi, annealing dan ekstensi secara berulang. Sampel produk PCR kemudian divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agar dan iluminator UV. Hasil penelitian menunjukkan tiap sembilan sampel teruji positif untuk kehadiran 565bp NDV F fragmen gen target band, dengan adanya pembentukan band yang mirip dengan kontrol positif. Kontrol positif yang digunakan mengandungi fragmen dengan ukuran yang sama dengan fragmen target pada NDV F gen. Kesimpulannya, metode RT-PCR adalah teknik yang boleh digunakan untuk mendeteksi penyakit Newcastle Disease pada sampel organ ayam. Penelitian lebih lanjut yang dapat dilakukan adalah sekuensing fragmen NDV F gen yang teramplifikasi untuk analisis nukleotida NDV.

Newcastle Disease is a viral disease affecting commercial poultry productions in Indonesia. Diagnosis through virus isolation and subsequent characterization with serological assays has their limitations. This research aims to detect NDV in chicken suspected with Newcastle Disease using the RT-PCR technique. Nine chicken organ samples such as lien, trachea and lungs collected from well-vaccinated farm chickens were used in this research. The prepared samples were purified using the QIAamp RNA kit to extract any viral RNA present. The final RNA extraction samples were placed into PCR sample tubes and added with a mastermix solution containing specific primers designed by Angeliya et al. (2014) to target 565 base pairs (bp) long NDV genome fragment. The PCR tubes were placed in the T100TM Thermal Cycler PCR machine and sequenced through repetitive cycles of denaturation, annealing and elongation. The PCR product samples were then visualised using agar gel electrophoresis and an UV illuminator. The results showed all nine samples were positive for the presence of the targeted 565bp band of NDV F gene fragment, as indicated by the formation of a band similar to the positive control. The positive control used contains fragments with the same size as the targeted NDV F gene fragment. In conclusion, RT-PCR method is an applicable technique to detect Newcastle Disease in chicken organ samples. Further studies may be carried out by sequencing the amplified NDV F gene fragment for nucleotide analysis of NDV.

Kata Kunci : Newcastle Disease virus, RT-PCR, chicken