DETECTION AND MOLECULAR IDENTIFICATION OF VIRUSES INFECTING SHALLOT IN NGANJUK, EAST JAVA

GINTING TRI P, Prof. Dr. Ir. Susamto Somowiyarjo, M.Sc.; Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

2015 | Tesis | S2 Fitopatologi

Bawang merah (Allium cepa var. ascalonicum) merupakan salah satu komoditas unggulan hortikultura di Indonesia. Salah satu patogen yang menyerang bawang merah adalah virus. Infeksi virus pada bawang merah belum banyak dilaporkan, terutama oleh petugas yang dimungkinkan karena gejala yang ditimbulkannya tidak begitu jelas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan dan mengidentifikasi jenis virus yang menyerang bawang merah di Kabupaten Nganjuk, Provinsi Jawa Timur. Pengambilan sampel dilakukan secara acak pada musim kemarau dan musim hujan pada 3 varietas bawang merah (Bauji, Manjung, dan Thailand). Deteksi dan identifikasi virus menggunakan metode RT-PCR dengan primer universal Poty1 (reverse primer) dan forward primer pGV-3t untuk Allexivirus, Alcar1 untuk Carlavirus, serta U341 untuk Potyvirus. Hasilnya Allexivirus hanya terdeteksi pada varietas Thailand dan Bauji dalam persentase yang kecil (2 dan 5%), sedangkan Carlavirus dan Potyvirus terdeteksi pada semua varietas dengan kisaran persentase dari 35-90%. Infeksi Allexivirus hanya terdeteksi pada musim kemarau (6%), sedangkan infeksi Carlavirus dan Potyvirus lebih banyak pada musim hujan dengan persentase 60 dan 66%, dibanding musim kemarau sebesar 50 dan 56%. Perunutan DNA menunjukkan homologi nukleotida Carlavirus isolat Nganjuk tertinggi terhadap Garlic latent virus (GLV) dari China, Jepang, dan Shallot latent virus (SLV) Taiwan, sedangkan Potyvirus isolat Nganjuk tertinggi terhadap Welsh onion yellow stripe virus (WoYSV) serta Shallot yellow stripe virus (SYSV) dari China, Korea Selatan, Jepang, dan Belanda. Isolat virus dari Nganjuk teridentifikasi sebagai Shallot yellow stripe virus (SYSV) dan Welsh onion yellow stripe virus (WoYSV) dari genus Potyvirus, serta Shallot latent virus (SLV), anggota genus Carlavirus.

Shallot (Allium cepa var. ascalonicum) is one of the important horticultural commodities in Indonesia. One of the shallot pathogen is viral disease. Viral infection of the shallot has not been widely reported, especially by officers, which is possible because the symptoms caused not so obvious. Laboratory study was conducted to detect and identify viruses associated with shallot in Nganjuk District, East Java Province. Random sampling was done for three varieties of shallots in dry season and rainy season (Bauji, Manjung, and Thailand varieties). Virus detection and identification was based on RT-PCR using universal primers Poty1 (reverse primer) and the forward primer and pGV-3t for Allexivirus, Alcar1 for Carlavirus, and U341 for Potyvirus, followed by sequencing of the nucleotides. Results obtained Allexivirus only detected in Thailand and Bauji varieties in a small percentage (2 and 5%), while Carlavirus and Potyvirus detected in all varieties with a percentage of 35-90% range. Allexivirus infection was detected only in the dry season (6%), whereas infection Potyvirus and Carlavirus more during the rainy season with a percentage of 60 and 66%, compared to the dry season by 50 and 56%. Nucleotide sequences of Carlavirus Nganjuk isolates showed the highest homology to Garlic latent virus (GLV) from China, Japan, and Shallot latent virus (SLV) from Taiwan, while Potyvirus Nganjuk isolates showed the highest homology to Welsh onion yellow stripe virus (WoYSV) and Shallot yellow stripe virus (SYSV) from China, South Korea, Japan, and Netherland. The virus isolates from Nganjuk were identified as Shallot yellow stripe virus (SYSV) and Welsh onion yellow stripe virus (WoYSV) of the genus Potyvirus, and Shallot latent virus (SLV) of the genus Carlavirus.

Kata Kunci : Allexivirus, Carlavirus, Potyvirus, RT-PCR, shallot