Analisis Filogenetik Empat Morfotipe Samia ricini (Anderson, 1788) Berbasis DNA Barcoding Dengan Gen Marker Cytochrome B (Cyb)

Irenna Sheva Zahrani, Sukirno, S.Si., M.Sc., Ph.D.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Ulat sutera eri (Samia sp.) merupakan ulat sutera non-murbei dari famili Saturniidae yang dibudidayakan di Kulon Progo, Yogyakarta. Tempat ini memiliki empat morfotipe ulat sutra eri yaitu white zebra, yellow zebra, white spotted, dan green spotted yang terdentifikasi sebagai spesies Samia cynthia ricini. Namun terdapat sumber literatur yang mengatakan bahwa Samia cynthia dan Samia ricini merupakan dua spesies yang berbeda. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi berdasarkan karakter molekuler dengan gen cytochrome b (cyb) melalui pendekatan DNA barcoding. Penelitian ini menggunakan 15 sampel ulat sutra eri dengan komposisi 4 yellow zebra, 4 white zebra, 3 yellow spotted,  dan 4 green spotted yang diekstraksi jaringan ototnya untuk diambil sampel DNA. Hasil ekstraksi selanjutnya dilakukan proses amplifikasi dengan metoe Polymerase Chain Reaction (PCR) dan hasilnya dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa. Sampel kemudian dilakukan sekuensing untuk mendapatkan sekuens urutan DNA yang akan dianalisis hubungan filogenetiknya. Hubungan filogenetik antar sampel dianalisis dengan proses alignment untuk mengonstruksi pohon filogenetik dan untuk identifikasi sekuens sampel dengan membandingkan berdasarkan database pada Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) NCBI. Dari penelitian ini diketahui bahwa spesies semua sampel yang digunakan adalah Samia ricini dan berkerabat dekat dengan Antheraea mylitta dan Samia cynthia.   Penelitian ini diharapkan dapat memberikan kontribusi berupa pengetahuan baru mengenai karakteristik molekuler Samia ricini.

The eri silkworm (Samia sp.) is a non-mulberry silkworm belonging to the family Saturniidae, cultivated in Kulon Progo, Yogyakarta. This location hosts four morphotypes of eri silkworm: white zebra, yellow zebra, white spotted, and green spotted, which have been identified as the species Samia cynthia ricini. However, some literature suggests that Samia cynthia and Samia ricini are two distinct species. Therefore, this study was conducted to identify these morphotypes based on molecular characteristics using the cytochrome b (cyb) gene through a DNA barcoding approach. This study used 15 eri silkworm samples, consisting of 4 yellow zebra, 4 white zebra, 3 yellow spotted, and 4 green spotted individuals. Muscle tissue was extracted to obtain DNA samples. The extracted DNA was then amplified using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method and analyzed via agarose gel electrophoresis. The PCR products were subsequently sequenced to obtain DNA sequences for phylogenetic analysis. Phylogenetic relationships among samples were analyzed through sequence alignment to construct a phylogenetic tree. Sequence identification was carried out by comparing the sequences with the NCBI database using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). The results indicated that all samples belonged to the species Samia ricini and were closely related to Antheraea mylitta and Samia cynthia. This study is expected to contribute new insights into the molecular characteristics of Samia ricini.

Kata Kunci : Cytochrome B, DNA barcoding, filogentik, Samia ricini