Analisis Determinasi Seks Gen CHD1-Z/W pada Burung Ordo Acciptriformes, Passeriformes, Strigiformes dan Galliformes

FEBRIYANTI VERA, Prof. Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc. ; Ir. Ign. Pramana Yuda, M.Si. Ph.D.

2021 | Tesis | MAGISTER BIOLOGI

Penentuan jenis kelamin burung monomorfik maupun dimorfik fase dewasa belum dapat diketahui berdasarkan morfologi saat fase anakan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penentuan jenis kelamin betina atau jantan pada burung Maleo Senkawor (Macrocephalon maleo S. Muller, 1846), Elang, Cucak Rowo, Pipit, Merak Hijau, Ayam Domestik dan Serak Jawa. Analisis molekuler sexing ini menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer universal dan primer design baru berdasarkan gen Chromodomain Helicase DNA binding-1 (CHD-1) yang terkait kromosom sex Z/W pada avian. Berdasarkan hasil visual elektroforesis gel agarosa 2% ditandai dengan munculnya dua fragmen DNA pada jenis kelamin betina dan satu fragmen DNA pada jenis kelamin jantan. Selain itu, deteksi gen CHD1-Z/W spesies burung Maleo Senkawor (Macrocephalon maleo S. Muller, 1846) dari hasil produk PCR dilakukan insersi DNA pada vektor plasmid pJET-1.2/blunt yang kemudian ditransformasikan ke dalam host Escherichia coli DH-5 Alfa. Analisis bioinformatik berdasarkan hasil sekuensing DNA spesies Macrocephalon maleo dilakukan untuk mengetahui variasi genetik intraspesifik menggunakan aplikasi GeneStudio dan DnaSP, variasi genetik interspesifik menggunakan pohon filogenetik dengan aplikasi MEGA10 dan konstruksi homology modelling struktur protein CHD-1 berdasarkan sekuen asam amino spesies Gallus gallus dari GenBank NCBI mengunakan aplikasi website SWISS-Model.

Sex determination of monomorphic and dimorfic only adult stage was difficult to determine with manual visual based on morphology during the child fase. This study aims to sex determination on CHD1 gene related to Z/W of female or male birds in Maleo Senkawor (Macrocephalon maleo S. Muller, 1846), Eagles, Bulbuls, Sparrows, Peafowls, Domestic Chickens, and Owl. Molecular sexing anaylisis used Polymerase Chain Reaction (PCR) method with universal primer and a new primer design based on the Chromodomain Helicase DNA binding-1 (CHD-1) gene-linked Z/W in Maleo Senkawor and other birds. The results of the PCR detection product on CHD1- Z/W gene were visualized using electrophoresis on 2% agarose gel, showed the two DNA fragments of female and one DNA fragment of the male. In addition, CHD1-Z/W gene detection of Maleo Senkawor (Macrocephalon maleo S. Muller, 1846) based on PCR product did DNA insertion by cloning of the pJET-1.2/blunt plasmid vector which, transformed into the Escherichia coli DH-5 Alfa host. Bioinformatics analyses based on DNA sequences of Macrocephalon maleo species to determined intraspecific genetic variations with GeneStudio software and DnaSP software, interspecific genetic variations from phylogenetic trees with MEGA10 software and homology modeling the protein structure of CHD-1 based on amino acid sequence of Gallus gallus from GeneBank NCBI with SWISS-Model website application.

Kata Kunci : Avians, Escherichia coli DH-5 alfa, CHD1-Z/W gene, molekuler sexing, polymerase chain reaction.