TEKNIK IDENTIFIKASI BAKTERI GRAM POSITIF PENYANDI GEN coa SECARA GENOTYPING DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)

SISKA DEVI K, drh. Clara Ajeng Artdita, M.Sc.

2020 | Tugas Akhir | D3 KESEHATAN HEWAN

Spesies dari bakteri Gram positif genus Staphylococcus beragam hingga diklasifikasikan menjadi dua tipe yaitu coagulase-positive Staphylococcus (CoPS) dan coagulase-negative Staphylococcus (CoNS). Identifikasi spesies bakteri dengan teknik mikrobiologi berbasis uji biokimia sering kurang maksimal ketika digunakan sehingga menimbulkan kekeliruan diagnosis. Teknik ini tidak cukup untuk mengidentifikasi spesies, maka perlu uji secara molekuler menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR). Tujuan dari penulisan Tugas Akhir ini adalah untuk mengetahui teknik identifikasi bakteri Gram positif secara genotyping melalui metode PCR dengan target gen coa beserta evaluasi tekniknya. Metode yang digunakan adalah dengan eksperimen menggunakan sampel dari biakan bakteri yang berasal dari susu kambing perah dengan status mastitis berdasarkan uji california mastitis test (CMT). Teknik PCR yang digunakan adalah jenis PCR konvensional yang dilanjutkan dengan elektroforesis gel agarose. Teknik PCR ini menggunakan komponen dan prosedur sesuai dengan penelitian sebelumnya dan rekomendasi manufaktur. Amplifikasi DNA dilakukan dengan tahapan dimasukkannya reaksi PCR ke mesin thermal cycle, kemudian dilakukan analisis dengan elektroforesis agarose 1.5% selanjutnya dilakukan visualisasi dengan sinar ultraviolet (UV). Hasil secara genotyping adalah sebanyak 5 sampel menunjukkan pita pada ukuran 400bp sedangkan 7 sampel tidak muncul pita DNA. Evaluasi dari teknik ini yaitu tidak adanya kontrol positif dan negatif, tidak adanya gen pembanding lain, serta penggunaan perangkat dokumentasi yang kurang jelas.

Gram-positive bacteria genus Staphylococcus are classified into two type, coagulase-positive Staphylococcus (CoPS) and coagulase-negative Staphylococcus (CoNS). Bacterial Identification with microbiological techniques based on biochemical tests is often less than the maximum when used also causing misdiagnosis. This technique is not enough to identify species, so it is necessary to test molecularly using the polymerase chain reaction (PCR) technique. The purpose of writing this Final Project is to find out the technique of identification of Gram-positive bacteria by genotyping through the PCR method with the coa gene target and evaluation of the technique. The method used was an experiment with samples from bacterial cultures found in mastitis goat's milk based on california mastitis test (CMT). The PCR technique used type of conventional PCR type also followed by agarose gel electrophoresis. The PCR technique uses components and procedures in appropriate with previous studies and manufacturing recommendations. Amplification of DNA start by put PCR reaction into the machine thermal cycle, then could be analysis using 1.5% agarose electrophoresis then visualized by ultraviolet (UV) light. The results of genotyping were 5 samples showed a band at 400bp size while 7 samples did not appear DNA bands. Evaluation of this technique is the absence of positive and negative controls, the absence of other comparative genes, and the use of unclear documentation tools.

Kata Kunci : bakteri Gram positif, gen coa, amplifikasi DNA, molekuler, teknik PCR