DETEKSI GEN FADH2 DEPENDENT HALOGENASE DAN UJI AKTIVITAS ANTIVIBRIO AKTINOBAKTERIA ASOSIASI ALGA MERAH (Gelidiella acerosa (Forsskål) Feldmann & Hamel, 1934)

MARIA ULFAH, Dr. Niken Satuti N. H. M.Sc.; Noer Kasanah, Ph.D.

2016 | Skripsi | BIOLOGI

Antibiotik merupakan obat yang sangat penting untuk menyembuhkan penyakit infeksi di dunia. Namun, antibiotik telah digunakan secara luas sehingga menimbulkan berbagai masalah salah satunya resistensi antibiotik. Oleh karena itu diperlukan adanya sumber daya terbaru dalam upaya penemuan antibiotik baru salah satunya pemanfaatan aktinobakteria laut yang berasosiasi dengan alga merah. Aktinobakteria mampu menghasilkan senyawa bioaktif dengan aktivitas biologi yang bervariasi termasuk antibiotik. Senyawa terhalogenasi adalah salah satu contoh senyawa bioaktif yang dapat dimanfaatkan untuk antibiotik. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi aktinobakteria asosiasi alga merah Gelidiella acerosa yang berpotensi menghasilkan senyawa terhalogenasi dengan cara mendeteksi gen FADH2 dependent halogenase dan menguji aktivitas anti Vibrio alginolyticus pada metabolit sekunder yang dihasilkan oleh aktinobakteria. Bakteri diisolasi dari Gelidiella acerosa dalam media AIA, SC-SW, NA, WATSW, dan Marine Agar. Material genetik isolat kemudian diampifikasi gen 16S rRNA, gen FADH2 dependent halogenase, gen nrps, dan kemudian diuji aktivitas antivibrio menggunakan bioassay 6 well plate pada media M-25, M-26, M-28, M-30, M-32, dan M-43. Isolasi bakteri dari Gelidiella acerosa menghasilkan 27 isolat. Hasil amplifikasi gen 16S rRNA menunjukkan 11 isolat positif sebagai aktinobakteria pada 1100 bp menggunakan primer F243 dan R1378, sedangkan 15 isolat positif teramplifikasi pada 270 bp menggunakan primer F243 dan R513GC. Hasil amplifikasi gen FADH2 dependent halogenase dengan primer Halo-B4-FW dan Halo-B7-RV tidak ada isolat yang teramplifikasi pada ukuran target yaitu 550 bp. Hasil amplifikasi gen nrps dengan primer A3F dan A7R terdapat 21 isolat positif teramplifikasi pada 700 bp. Sebanyak 6 isolat aktinobakteria yang diujikan pada bioassay antivibrio menunjukkan adanya aktivitas antivibrio dalam masing-masing media. Media yang paling kuat sebagai pemacu produksi senyawa metabolit sekunder pada aktinobakteria adalah M-28. Berdasarkan analisis molekuler, isolat DR-2S-115-5 merupakan Norcapdiosis alba dan isolat DR-2R-115-35 merupakan Nocardiopsis dassonvillei. Gen nrps pada isolat DR-2R-115-35 memiliki kesamaan dengan Streptomyces avermitillis yang berpotensi tinggi sebagai penghasil senyawa antibiotik.

Antibiotics is a crucial drugs to reduced illnes from infectious disease in this wolrd. However, these drugs have been used so widely causing various problems of human heath like antibiotic resistance. Therefore, new sources of antibiotics is required to discover new antibiotics, one of them is actinobacteria associated red algae. Actinobacteria microorganism which capable of producing bioactive compounds with widely biological activity. Halogenated compounds is one of the bioactive compounds that can be used as antibiotics. This study aims to isolate the actinobacteria from red algae Gelidiella acerosa that potentially produce halogenated compounds by detecting FADH2 dependent halogenase gene, and examine anti-Vibrio algynoliticus activity of actinobacteria secondary metabolites. Bacteria isolated from Gelidiella acerosa to AIA, SC-SW, NA, WATSW and marine agar media. Genome isolates then amplified the 16S rRNA gene, FADH2 dependent halogenase gene, nrps gene, and then examine for antivibrio activity using 6 well plate bioassay in 6 media M-25, M-26, M-28, M-30, M-32 and M-43. Isolation of bacteria from Gelidiella acerosa yield 27 isolates. The results of 16S rRNA gene amplification showed 11 isolates confirmed as actinobacteria at 1100 bp amplified using primers F243 and R1378, while the 15 isolates were positive at 270 bp amplified using primers F243 and R513GC. The results of FADH2 dependent halogenase gene amplification using primers Halo-B4-FW and Halo-B7-RV no isolate were amplified at the target size 550 bp. Amplification nrps gene using primers A3F and A7R there were 21 positive isolates were amplified by 700 bp. Six isolates examined as antivibrio, all isolates showed antibvibrio activity in each media. The most powerful media showed antivibrio activity is M-28. Based on sequence analysis, DR-2S-115-5 is Norcapdiosis alba and DR-2R-115-35 is Nocardiopsis dassonvillei. Isolate DR-2R-115-35 has high nrps gene similarity to Streptomyces avermitillis as a high potential producer of antibiotic compounds.

Kata Kunci : natural product, alga merah, aktinobakteria, FADH2 dependent halogenase, antibiotik