ANALISIS CEMARAN BAKTERI SALMONELLA ENTERITIDIS DALAM DAGING DAN TELUR AYAM DENGAN REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION

MARDIA HAYATI, Prof. Dr. Sudjadi, M.S., Apt; Prof. Dr. Abdul Rohman, M.Si., Apt

2016 | Tesis | S2 Ilmu Farmasi

Salmonella enteritidis merupakan bakteri yang dapat menyebabkan gastroenteritis pada manusia. Daging dan telur ayam dapat terkontaminasi S.enteritidis melalui 2 cara, yaitu secara vertikal dan horizontal. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi cemaran S.enteritidis pada daging dan telur ayam serta produk olahannya menggunakan metode real-time Polymerase Chain Reaction (real time PCR). Tahapan penelitian ini dimulai dari perancangan primer, kultur bakteri S.enteritidis, isolasi DNA, validasi metode serta aplikasi metode analisis pada produk dipasaran menggunakan real-time PCR. Primer yang digunakan pada penelitian ini adalah primer Sdf1-138 (primer forward CGA GCA TGT TCT GGA AAG CC dan primer reverse ATG GTG AGC AGA CAA CAG GC). Primer ini dirancang secara in silico mengikuti The National Center for Biotechnology Information (NCBI) menggunakan Salmonella different Fragment (Sdf1) yang merupakan bagian spesifik dari S.enteritidis. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan metode fenol-kloroform. Suhu optimum penempelan primer yang dihasilkan adalah 60,2 derajat celcius berdasarkan profil puncak pelelehan tertinggi (177,75). Uji spesifisitas terhadap empat DNA bakteri (S.enteridis, S.typhimurius, E.coli, L.monocytogenes) dan DNA ayam, menunjukkan bahwa primer ini spesifik mengamplifikasi S.enteritidis dengan titik puncak lebur di 77,5-78,0 derajat celcius. Dari kurva amplifikasi pengenceran DNA diperoleh nilai koedisien determinasi 0,981 dan nilai E 126,67 persen. Uji keterulangan yang dilakukan memperoleh koefisien variasi (CV) 0,556 persen yang sesuai untuk PCR, yakni dengan nilai CV lebih besar dari 25 persen. Uji sensitivitas menghasilkan nilai batas deteksi adalah 12,5 pg DNA S.enteritidis. Hasil amplifikasi sampel dipasaran menunjukkan tidak ada produk yang diuji yang terkontaminasi dengan S.enteritidis.

Salmonella enteritidis is a bacteria that can cause gastroenteritis in humans. S. enteritidis can contamine meat and eggs vertically and horizontally. The objective of this study was to develop detection method of S.enteritidis contamination in chicken meat and eggs and other dairy products using real-time Polymerase Chain reaction (real-time PCR method). The study is initiated with the preenrichment bacterial culture of S. enteritidis, DNA isolation, validation method and method application on the marketed product. A pair of primers used in this study is Sdf1-138 primer (forward primer of CGA GCA TGT TCT GGA AAG CC and reverse primer of ATG GTG AGC AGA CAA CAG GC). This primer was designed in silico according to The National Center for Biotechnology Information (NCBI) using different Salmonella Fragment (Sdf1) which is a specific region of S. enteritidis. Isolation of DNA was performed using phenol-chloroform method. The optimum annealing temperature was 60.2 celcius based on the highest melting peak profiles (177.75). Specificity test was performed toward four bacterial DNA (S.enteridis, S.typhimurius, E.coli and L.monocytogenes) and chicken DNA which showed that the used primer can specifically amplify S.enteritidis with melting peak point at 77,5-78,0 celcius. Dilution of DNA amplification curves obtained coevicien determination 0,981 and E 126.67 percent. Repeatability test obtained coefficient of variation (CV) of 0,556 percent. Sensitivity test resulted the limit of detection at 12,5 pg for S.enteritidis DNA. The validated method was further used for analysis of marketed sampel and the result showed no products contaminated with S.enteritidis.

Kata Kunci : Salmonella enteritidis, real-time PCR, primer, Sdf1, daging ayam, telur ayam