EFEK POLIMORFISME rs2435357 GENA RET TERHADAP PENYAKIT HIRSCHSPRUNG DI INDONESIA (Kajian Perbandingan antara Metode Genotiping Polymerase Chain Reaction Restriction Fragment Length Polymorphism dan TaqMan Assay)

GUNADI, Dr. dr. Rochadi, Sp.B, Sp.BA

2016 | Tesis-Spesialis | SP ILMU BEDAH ANAK

Latar Belakang: Penelitian terbaru menunjukkan bahwa polimorfisme rs2435357 gena RET berhubungan secara signifikan dengan kejadian penyakit Hirschsprung (HSCR) di populasi Indonesia. Penelitian ini dilakukan di negara maju, Amerika Serikat, menggunakan metode TaqMan PCR genotyping assay. Meskipun metode TaqMan membutuhkan waktu pengerjaan yang singkat, namun teknik ini membutuhkan mesin PCR khusus yang mahal dan teknisi yang handal untuk mengerjakannya. Pada penelitian ini, kami menganalisis akurasi metode Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) untuk genotiping polimorfisme rs2435357 gena RET pada pasien HSCR di Indonesia karena tidak tersedianya metode genotiping dengan teknologi TaqMan yang lebih mahal. Metode: Kami membandingkan hasil genotiping polimorfisme rs2435357 gena RET pada 53 pasien HSCR dan 86 kontrol non-HSCR pada penelitian sebelumnya menggunakan metode TaqMan assay dengan teknik PCR-RFLP. Selanjutnya, kami melakukan genotiping pada 40 pasien HSCR dan 50 kontrol non-HSCR tambahan dengan metode PCR-RFLP. Hasil: Penelitian ini menunjukkan bahwa hasil genotiping polimorfisme rs2435357 gena RET antara metode TaqMan assay dan teknik PCR-RFLP adalah 100% sesuai (concordant). Akurasi metode PCR-RFLP untuk genotiping polimorfisme rs2435357 gena RET adalah 100%. Selain itu, analisis kasus-kontrol 93 pasien HSCR dan 136 kontrol non-HSCR menunjukkan bahwa polimorfisme rs2435357 gena RET berhubungan signifikan dengan HSCR (p = 2,2x10-13; OR 5,1 [95% CI=3,2-8,1]). Hasil transmission disequilibrium test (TDT) menunjukkan bahwa alel risiko (T) polimorfisme rs2435357 gena RET secara signifikan ditransmisikan dari orang tua ke pasien dengan nilai transmisi adalah 0.87 (p =1,5x10-6). Kesimpulan: Metode PCR-RFLP merupakan teknik yang andal (reliable) dan terjangkau (affordable) untuk genotiping polimorfisme rs2435357 gena RET di negara berkembang. Penelitian kami mendukung bukti polimorfisme rs2435357 gena RET sebagai risiko genetik untuk HSCR di Indonesia.

Background: Recently, the common RET rs2435357 variant has been shown to be strongly related to Hirschsprung disease (HSCR) in the Indonesian population. This association study was conducted in developed areas using high-throughput TaqMan PCR assay. Although the TaqMan method is less time-consuming, it requires a special more expensive PCR machine and a highly skilled analyst. In this study, we analyzed the usefulness of the PCR-RFLP method for genotyping RET rs2435357 polymorphism in Indonesian HSCR patients given the limitation of resource allocation for more expensive technologies. Materials and Methods: We compared our previous genotyping results of RET rs2435357 in 53 HSCR patients and 86 controls using the TaqMan PCR assay with the PCR-RFLP technique. Furthermore, we included an additional 40 HSCR patients and 50 controls and subsequently genotyped all subjects using the PCR-RFLP method. Results: Compared with our previous genotyping data of RET rs2435357 using the TaqMan PCR assay, the PCR-RFLP method indicated 100% concordant results. The overall accuracy of the PCR-RFLP for RET rs2435357 genotyping was 100%. In addition, case-control analysis demonstrated that RET rs2435357 is significantly correlated with HSCR (p = 2.2x10-13) with an OR of 5.1 (95% CI=3.2-8.1). The transmission disequilibrium test revealed that risk allele (T) at rs2435357 is significantly over-transmitted to probands at a transmission rate of 0.87 (p =1.5x10-6). Conclusions: The PCR-RFLP method is reliable and affordable for genotyping of RET rs2435357 polymorphism in developing countries. Our results strengthen the proof that the RET rs2435357 variant is a genetic risk for HSCR in Indonesia.

Kata Kunci : Hirschsprung, RET, rs2435357, common variant, PCR-RFLP, TaqMan, Indonesia