EFISIENSI TEKNIK DETEKSI Verotoxigenic Escherichia coli (VTEC) DENGAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) TERHADAP ISOLAT ASAL KALDU BRILLIAN GREEN BILE (BGLB)

ASTRID SALSABILA RAHMAH, Dr. drh. Yatri Drastini, M.Sc.

2016 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Verotoxigenic Escherichia coli (VTEC) adalah salah satu bakteri usus patogen yang menghasilkan toksin yang dapat menyebabkan diare berdarah dan kematian pada manusia. Metode konvensional yang sering digunakan untuk menentukan adanya VTEC adalah isolasi E. coli pada media pengaya kaldu Brillian green bile (BGLB) , media spesifik Eosin metyhlene blue agar (EMB) dan Sorbitol MacConkey agar (SMAC), dan deteksi VTEC dengan teknik PCR. Metode tersebut membutuhkan banyak waktu, tenaga, dan biaya karena deteksi harus dilakukan melalui beberapa media. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efisiensi teknik dalam mengidentifikasi VTEC dari sampel yang diinokulasi pada media BGLB dengan metode PCR. Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah 3 sampel asal susu sapi dan 7 sampel asal lingkungan sapi. Sampel susu berasal dari susu cooling unit di koperasi, cooling unit di tempat penampungan susu (TPS), dan milkcan di TPS. Sampel lingkungan berasal dari air minum sapi, pakan sapi, feses sapi, air dari tempat penampungan air, swab tangan peternak sebelum pemerahan, swab tangan peternak setelah pemerahan, dan swab saringan susu. Tahap awal dilakukan inokulasi sampel ke media pengaya BGLB, kemudian dilakukan isolasi DNA dari isolat asal BGLB dan keberadaan gen vt1 dideteksi dengan teknik PCR menggunakan primer yang spesifik terhadap gen vt1 dari E. coli. Tahap kedua melakukan inokulasi isolat asal BGLB ke media EMB, kemudian ke media SMAC. Isolat asal SMAC dideteksi keberadaan VTEC dengan teknik PCR setelah isolasi DNA. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa sebanyak 80 persen (8/10) sampel yang diinokulasi pada media BGLB memberikan hasil PCR yang positif mengandung VTEC. Sampel yang diinokulasi sampai media SMAC menunjukkan hanya 70 persen (7/10) sampel yang positif mengandung VTEC. Penelitian ini menunjukkan teknik deteksi VTEC pada isolat asal BGLB dengan metode PCR dapat digunakan sebagai pengujian yang lebih efektif dan efisien untuk mendeteksi keberadaan VTEC.

Verotoxigenic Escherichia coli (VTEC) is one of pathogenic intestinal bacteria producing toxins that can cause bloody diarrhea and death in humans. The conventional methods used for determining the presence of VTEC are the isolation of E. coli in the enrichment media such as Brillian green bile (BGLB), in spesific media such as Eosin metyhlene blue agar (EMB), Sorbitol MacConkey agar (SMAC), and detection of VTEC by PCR. The method requires more time, effort, and cost because it must be done through several medias. Therefore, this study aims to determine the efficiency of the technique in identifying VTEC of the samples inoculated on media BGLB with PCR method. Materials used in this study were 3 (three) milk samples and 7 (seven) samples from cow�s surroundings environment. Milk samples were derived from milk cooling unit at the cooperative, cooling unit in the shelter of milk (TPS), and milkcan in TPS. Environmental samples were the cow drinking water, cow feed, cow feces, water from water reservoirs, swab of breeder hands before breeding, swab of the hands after breeding, and swab of milk filter. The first stage were inoculating samples to BGLB, then isolating DNA of isolates from BGLB and detection of the VTEC by PCR using primers that specific to vt1 genes of E. coli. The second step was inoculation of isolates from BGLB to the EMB media and then to SMAC media. Isolates from SMAC were detected the presence of VTEC by PCR after DNA isolation. The results of this study indicate that 80 percent (8/10) of samples isolates were inoculated on media BGLB were positive for VTEC by PCR. Samples were inoculated to SMAC media showed only 70 percent (7/10) of positive samples for VTEC. This study showed VTEC detection techniques on isolates from BGLB by PCR method can be used as an more effective and efficient test to detect the presence of VTEC.

Kata Kunci : Verotoxigenic E. coli, DNA dan PCR / Verotoxigenic E. coli, DNA, PCR