Analisis Variasi Genotip dan Filogenetik Koi herpesvirus di Indonesia Berdasarkan Dua Penanda Molekuler dan Sekuen Gen Thymidine Kinase

GIVENS PRATIWI, Dr. Ir. Murwantoko, M.Si; Dr. Ir. Triyanto, M.Si

2016 | Skripsi | S1 BUDIDAYA PERIKANAN

Penelitian ini bertujuan untuk memberikan informasi terbaru mengenai variasi genotip Koi herpesvirus (KHV) di Indonesia berdasarkan variabel dari dua penanda molekuler dan untuk mengetahui hubungan kekerabatan antara genotip KHV dari Indonesia dengan genotip KHV lainnya berdasarkan analisis sekuen gen Thymidine Kinase (TK). Analisis Sekuen dari dua penanda molekuler, Marker I dan Marker II, mengindikasikan bahwa semua isolat dari Indonesia yang digunakan dalam penelitian ini (MG, CK dan SK) memiliki genotip I++II+ yang sebelumnya telah teridentifikasi pada isolat dari garis keturunan Asia (J), sedangkan isolat KV3 yang merupakan hasil isolasi dari vaksin KV3 memiliki genotip I--II- yang sebelumnya telah teridentifikasi pada isolat dari garis keturunan Eropa (U/I). Analisis Filogenetik dengan menggunakan gen Thymidine Kinase mengindikasikan bahwa isolat MG, CK dan VK memiliki hubungan kekerbatan yang dekat dengan isolat KHV strain J dan genotip Asia varian A1, sedangkan isolat KV3 memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan isolat KHV strain U/I dan genotip Eropa varian E1, E2, E3. Genotip campuran (I++II-) yang sebelumya telah dilaporkan teridentifikasi pada isolat dari Indonesia tidak ditemukan dalam penelitian ini.

Abstract The purpose of this study is to report the latest information of Koi herpesvirus (KHV) genotype variation in Indonesia based on two molecular markers and to give the information of genetic relationship between KHV isolate from Indonesia and others based on Thymidine Kinase (TK) gene. Sequence analysis of two molecular markers, Marker I and Marker II, indicated that all Indonesian isolates in this study (MG, CK, and SK) displayed I++II+ genotype previously identified in isolates of the Asian lineage (J), while the KV3 isolate that isolated from KV3 vaccine displayed I--II- genotype previously identified in isolates of the European lineage (U/I). Phylogenetic analysis using Thymidine Kinase gene indicated that MG, CK, and SK isolates are more closely related to the KHV J strain and Asian genotype varian A1, while KV3 isolate is more closely related to the KHV U/I strain and European genotype varian E1, E2, and E3. The mix genotype (I++II-) previously reported identified in isolates from Indonesia does not appear in this study.

Kata Kunci : analisis filogenetik, gen TK, Koi herpesvirus, penanda molekuler, variasi genotip / genotype variation, Koi herpesvirus, molecular markers, phylogenetic analysis, TK gene