IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI MOLEKULER BAKTERI VIBRIO PADA IKAN AIR LAUT DI WILAYAH BATAM DAN MATARAM

RIO ADITYA KURNIAWAN, Prof. drh. Kurniasih, MVSc., PhD

2016 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Identifikasi dan Karakterisasi Molekuler Bakteri Vibrio pada Ikan Air Laut di Wilayah Batam dan Mataram INTISARI Rio Aditya Kurniawan 13/359892/PKH/00513 Ikan kerapu dan kakap merupakan salah satu komoditas perikanan Indonesia yang diunggulkan dan mempunyai nilai ekonomi yang tinggi, mempunyai harga yang mahal serta merupakan komoditas ekspor, namun masalah yang dihadapi oleh pembudidaya ikan adalah penyakit. Penyakit yang banyak ditemukan dalam budidaya kerapu dan kakap adalah Vibriosis. Vibriosis merupakan penyakit bakterial yang disebabkan oleh bakteri dari genus Vibrio dan tergolong ganas dalam menyerang kakap dan kerapu. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi secara fenotipik dan menuji secara molekuler penyebab Vibriosis pada ikan air laut di wilayah Batam dan Mataram yang serta untuk mengetahui perubahan histopatologi organ ikan akibat dari infeksi alami Vibrio. Penelitian dilakukan dengan mengisolasi dan mengidentifikasi isolat bakteri yang berasal dari kerapu dan kakap putih yang menunjukkan gejala klinis Vibriosis, kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan histopatologi dan molekuler menggunakan primer 16S rRNA. Identifikasi isolat bakteri berdasarkan sifat fenotip yang meliputi morfologi, biokimiawi dan fisiologi teridentifikasi enam isolat bakteri Vibrio yaitu V.alginolyticus, V.carchariae, V.damselae, V.fluvialis, V.furnisii dan V.parahaemolyticus. Tiga isolat bakteri Vibrio dari wilayah Mataram yaitu V.alginolyticus, V.carchariae dan V.fluvialis. Amplifikasi sekuen 16S rRNA dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan primer universal 9F (5'-GAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'), 1114R (5'-CCCGGAACCCAAAAACTTTG-3') dengan internal primer 765R (5'-CTGTTTGCTCCCCACGCTTTC-3') dan dilanjutkan dengan sekuensing. Berdasarkan karakteristik isolat Vibrio yang dibandingkan dengan gen bank, isolat V. alginolyticus_btm dan V. carchariae_btm homolog dengan V. parahaemolyticus strain DAHMV. Isolat V. damselae_btm dan Vibrio alginolyticus_mtr homolog dengan Vibrio neocaledonicus strain MS1, isolat V.parahaemolyticus_btm dan V.furnisii_btm homolog dengan Photobacterium damselae subsp. damselae strain: : 04Ya311 dan V. fluvialis_mtr homolog dengan V. azureus strain MMRF532. Hasil pemeriksaan histopatologi organ ikan kerapu yang terinfeksi secara alami oleh V.alginolyticus menunjukkan adanya radang granulomatosa pada organ hepar, limpa, kulit dan ginjal. Kesimpulan dari penelitian ini adalah identifikasi secar fenotip dari wilayah Batam dutemukan enam spesies Vibrio dan tiga spesies Vibrio dari wilayah Mataram. Berdasarkan pemeriksaan molekuler dengan gen 16S rRNA, semua hasil identifikasi secara fenotip tidak didukung oleh hasil identifikasi molekuler dan V.alginolyticus menyebabkan radang granulomatosa pada organ hati, limpa, kulit dan ginjal.

Identification and Molecular Characterization of Vibrio in Marine Fish From Batam and Mataram ABSTRACT Rio Aditya Kurniawan 13/359892/PKH/00513 Grouper and snapper are the Indonesia fishery commodity which high economic value, expensive price as well as an export commodity, on the other hand, the problems faced by fish farmers is a disease. A common disease in grouper and snapper aquaculture is Vibriosis. Vibriosis is a bacterial disease caused by bacteria of the genus Vibrio and this bacteria as a main causative agent of disease in grouper and snapper aquaculture.The aims of study are phenotypic identification, molecular examination of Vibriosis in grouper and snapper from Batam and Mataram and understand histopathology of natural infection of Vibrio in fish organs. This research carried out by isolation and identification of bacteria from grouper and snapper which clinical signs of Vibriosis. It was also extracted, amplified and sequenced to molecular characterization. The primer used were 9F (5'-GAGTTTGATCCTGGCTCAG-3'), 1114R (5'-CCCGGAACCCAAAAACTTTG-3') and internal primer 765R (5'-CTGTTTGCTCCCCACGCTTTC-3') in 16S rRNA region. The phenotypic identification such as morphology, biochemical and physiology were identified six isolates of Vibrio from Batam, such as V.alginolyticus, V.carchariae, V.damselae, V.fluvialis, V.furnisii and V.parahaemolyticus. from Mataram were identified three isolates of Vibrio, such as V.alginolyticus, V.carchariae and V.fluvialis. Based on molecular characteristic of Vibrio compared with gene bank showed isolate of V. alginolyticus_btm and V. carchariae_btm homolog with V. parahaemolyticus strain DAHMV. Isolate of V. damselae_btm and V. alginolyticus_mtr homolog with Vibrio neocaledonicus strain MS1, isolate of V.parahaemolyticus_btm and V.furnisii_btm homolog with Photobacterium damselae subsp. damselae strain: 04Ya311 and isolate of V. fluvialis_mtr homolog dengan V. azureus strain MMRF532. Natural infection of V.alginolyticus causes granulomatous inflammation to liver, kidney, skin and and spleen. The conclusion of this reaserch are phenotypic identification from Batam were found six species of Vibrio and three species from Mataram. Based on molecular examination on 16S rRNA gene shows all phenotypic dentification are not supported by molecular examination and V.alginolyticus causes causes granulomatous inflammation to liver, kidney, skin and and spleen.

Kata Kunci : Vibriosis, vibrio, grouper, snapper, phenotyp, molecular, histopathology