KARAKTERISASI MOLEKULAR DAN PROFIL METABOLIT SEKUNDER BAKTERI ENDOFIT AKAR PURWOCENG (Pimpinella pruatjan Molk.) SEBAGAI ANTIBAKTERI TERHADAP Pseudomonas aeruginosa

NURAINI KARTIKASARI, Dr. Yekti Asih Purwestri, M.Si.; Prof. Drs. Langkah Sembiring, M.Sc., Ph.D.

2016 | Tesis | S2 Biologi

Akar tanaman purwoceng (Pimpinella pruatjan Molk.) mengandung bakteri endofit yang dapat menghasilkan senyawa metabolit sekunder yang sama dengan inangnya. Senyawa metabolit sekunder yang dihasilkan oleh bakteri endofit tersebut dapat digunakan sebagai antibakteri yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri patogen Pseudomonas aeruginosa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas antibakteri senyawa metabolit sekunder bakteri endofit akar tanaman purwoceng dalam menghambat pertumbuhan P. aeruginosa, mengkarakterisasi golongan senyawa antibakteri yang dihasilkan oleh bakteri endofit dan mengidentifikasi bakteri endofit potensial tersebut dengan menggunakan marker 16S rRNA. Metode yang digunakan dalam penelitian ini antara lain uji aktivitas antibakteri senyawa antibakteri bakteri endofit dalam menghambat pertumbuhan P. aeruginosa, uji kromatografi lapis tipis (KLT) golongan senyawa antibakteri yang dihasilkan dan sekuensing gen 16S rRNA bakteri endofit potensial. Hasil uji aktivitas antibakteri menunjukkan isolat GP2, GP14 dan DG1 berpotensi menghasilkan senyawa antibakteri. Hal tersebut ditunjukkan dengan terbentuknya zona hambat pada uji aktivitas antibakteri ketiga isolat tersebut. Senyawa antibakteri yang dihasilkan oleh isolat GP2, GP14 dan DG1 termasuk dalam golongan senyawa alkaloid yang memiliki kemampuan sebagai antibakteri. Identifikasi berdasarkan karakter molekular sekuen gen 16S rRNA isolat GP14 dan DG1 memiliki similaritas sebesar 99% dengan Bacillus subtilis, sedangkan isolat GP2 memiliki similaritas sebesar 99% dengan Enterococcus faecalis.

Purwoceng (Pimpinella pruatjan Molk.) roots contain of endhopyte bacteria that can produce the same secondary metabolites as their host. Secondary metabolites produce by endophyte bacteria from purwoceng roots can used as antibacterial against pathogen bacteria Pseudomonas aeruginosa. This researh aim to determine antibacterial activity of secondary metabolites purwoceng root endophyte bacteria against P. aeruginosa growth, characterize the group of secondary metabolites produce by endophyte bacteria and identify potential endophyte bacteria using molecular character 16S rRNA gene sequence. Method used in this research such as antibacterial activity assay to determine potency of antibacterial compound produce by endophyte bacteria against P. aeruginosa growth, thin layer chromatography (TLC) assay to characterize the group of antibacterial compound and sequencing of 16S rRNA gene to determine the strain of potential endophyte bacteria. The result of bacterial activity showed GP2, GP14 and DG1 isolate can produce antibacterial compounds. Its shown with the formation of inhibitory zone in antibacterial activity assay those isolates. Antibacterial compounds produce by GP2, GP14 and DG1 isolate belong to alkaloid family which has the ability as antibacterial. Based on molecular character 16S rRNA gene sequence identification GP14 and DG1 isolate has the similarity with Bacillus subtilis by 99%, while GP2 isolate has the similarity with Enterococcus faecalis by 99%.

Kata Kunci : bakteri endofit, purwoceng, antibakteri, 16S rRNA, P. aeruginosa