Kajian Interaksi Senyawa Antioksidan Myricetin dengan Reseptor Protein Tyrosine Kinase Menggunakan Simulasi Dinamika Molekuler

EKI RIANA SUTADI, dr. rer. nat Ria Armunanto, M.Si ; M. Fajar Pradipta, S.Si, M.Eng

2015 | Skripsi | S1 KIMIA

Penelitian yang mengkaji interaksi senyawa antioksidan myricetin dengan reseptor protein tyrosine kinase menggunakan simulasi dinamika molekuler telah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi binding site myricetin pada protein reseptor tyrosine kinase, memprediksi energi bebas solvasi senyawa quercetin dan myricetin dalam air, dan kekuatan ikatan senyawa quercetin dan myricetin dalam protein reseptor tyrosine kinase. Penelitian ini diawali dengan metode redocking senyawa quercetin yang menghasilkan informasi mengenai binding site dalam protein tyrosine kinase, binding site tersebut yang digunakan sebagai acuan molecular docking senyawa myricetin. Selanjutnya dilakukan simulasi dinamika molekuler pada ligan dengan konformasi paling stabil dan pada kompleks dalam air. Hasil penelitian menunjukkan bahwa myricetin memiliki binding site yang sama dengan quercetin. Energi solvasi myricetin lebih rendah dari pada quercetin, yakni quercetin -43,30 ± 4,92 kJ mol-1 dan myricetin -51,87 ± 2,87 kJ mol-1. Energi ikat myricetin pada protein reseptor tyrosine kinase lebih lemah dari pada quercetin, yakni quercetin -55,90 ± 1,79 kJ mol-1 sedangkan pada myricetin sebesar -41,70 ± 1,06 kJ mol-1.

Study of interaction antioxidant compound myricetin with protein tyrosine kinase receptor using molecular dynamics simulation has been performed. The research was aimed to predict binding site of myricetin in protein receptor tyrosine kinase, the solvation energy of quercetin and myricetin compounds in water, and bond strength of quercetin and myricetin compounds in protein receptor tyrosine kinase. This work was started with redocking of quercetin compound with tyrosine kinase. It’s to find best conformation which was used as a reference in molecular docking of myricetin compound. Then, it was performed molecular dynamics simulation on the ligand with the most stable conformation and the complex in water. The result showed that myricetin has same binding site with quercetin. From the solvation energy value, myricetin has higher solvation than quercetin with the value quercetin -43,30 ± 4,92 kJ mol-1 and myricetin -51,87 ± 2,87 kJ mol-1. But from the bond strength value, myricetin has lower than quercetin with the values of -41,70 ± 1,06 kJ mol-1 and -55,90 ± 1,79 kJ mol-1, respectively.

Kata Kunci : molecular docking, dinamika molekuler, myricetin, ikatan hidrogen