EKSPRESI TEMPORAL GEN Os11g0539600 YANG BERPERAN DALAM BIOSINTESIS ANTOSIANIN PADA PADI HITAM (Oryza sativa L. 'Cempo Ireng')

YALISTA FATIA NADIA, Dr. Yekti Asih Purwestri, S.Si., M. Si.

2016 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Oryza sativa L. apostrop Cempo Ireng apostrop merupakan salah satu padi hitam yang terdapat di Indonesia khususnya Daerah Istimewa Yogyakarta. Cempo Ireng memiliki kandungan nutrisi lebih tinggi dibandingkan kultivar padi lainnya, salah satunya adalah senyawa antosianin. Salah satu gen yang spesifik pada biji padi dan diduga berperan dalam biosintesis antosianin adalah Os11g0539600. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi temporal gen Os11g0539600 pada tiga tahap pembentukan biji (grain filling) padi hitam yaitu milky stage, soft dough stage, dan hard dough stage. Biji padi yang telah dipanen diisolasi RNAnya menggunakan tiga metode yang berbeda, yaitu RNeasy Plant Mini Kit, FavorPrepKit, dan TRIzol. Kemurnian RNA yang didapatkan berkisar antara 1,659 strip 2,311. Hasil amplifikasi gen Os11g0539600 menggunakan Two strip step RT strip PCR menunjukkan bahwa Os11g0539600 hanya terekspresi pada padi hitam dan tidak terekspresi pada padi putih. Berdasarkan hasil analisis menggunakan program ImageJ, tingkat ekspresi gen Os11g0539600 menurun pada tahap pembentukan biji (grain filling) padi hitam. Penelitian ini menunjukkan bahwa Os11g0539600 diduga berperan dalam regulasi biosintesis antosianin pada padi hitam. Analisis fungsional berkaitan dengan gen tersebut pada padi hitam menarik untuk dilakukan.

Oryza sativa L. apostrop Cempo Ireng apostrop is one of the black rice that grows in Indonesia, especially in Daerah Istimewa Yogyakarta. Cempo Ireng consists of higher nutrient content than other rice cultivars, which one is anthocyanin compound. One gene in rice seed that is allegedly plays roles on the biosynthesis of anthocyanins is Os11g0539600. This study aims to determine the temporal expression of Os11g0539600 gene at three stages of black rice grain filling that are milky stage, soft dough stage, dan hard dough stage. The seed was isolated by using three different RNA isolation methods that are RNeasy Plant Mini Kit, FavorPrep Kit, and TRIzol. The result shows that the purity of RNA is between 1.659 strip 2.311. The result of Os11g0539600 gene amplification by using Two strip step RT strip PCR shows that Os11g0539600 only expressed on black rice and not expressed on white rice. Based on an analysis by using ImageJ program, the expression level of Os11g0539600 gene in black rice is decreasing at grain filling stage. In conclution, Os11g0539600 gene has a role in the biosynthesis regulation of anthocyanins in black rice. So that, functional analysis of this gene in the black rice is interesting to do.

Kata Kunci : Anthocyanin, black rice, Cempo Ireng, Os11g0539600, RNA Isolation.