IDENTIFIKASI MOLEKULER KUSKUS (Phalangeridae) ASAL MALUKU BERDASARKAN SEKUEN GEN PENYANDI NADH DEHYDROGENASE SUBUNIT 2

INDY PUSPITA, Dr. Drh. Rini Widayanti, MP

2016 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Maluku merupakan salah satu pulau di Indonesia yang memiliki banyak flora dan fauna endemik. Salah satu fauna endemik asal Maluku adalah kuskus. Kuskus adalah mamalia berkantong yang sering diburu untuk kepentingan konsumsi dan perdagangan satwa. Identifikasi kuskus yang masih sebatas perbedaan morfologi, belum cukup optimal untuk membedakan speseies kuskus sehingga perlu penelitian genetik kuskus untuk membantu konservasinya. Tujuan penelitian ini untuk mendapatkan sekuen nukleotida dan keragaman genetik pada gen ND2 mitokondria pada kuskus asal Maluku. Sampel DNA diisolasi dari 14 kuskus asal delapan daerah di Maluku, yaitu Pulau Ambon, Pulau Seram, Pulau Tobelo, Pulau Geser, Pulau Gorom, Pulau Haruku, Kepulauan Manipa dan Pulau Lakor kemudian diamplifikasi menggunakan primer ND 2 F dan ND 2 R dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) yang menghasilkan produk amplifikasi sebesar 1244 basepair (bp) lalu disekuensing. Hasil sekuensing sebesar 1044 nukleotida (nt) selanjutnya dianalisis menggunakan program MEGA versi 6.06 yang dibandingkan dengan kuskus dari Genbank. Hasil analisis disimpulkan bahwa sampel kuskus Maluku asal Allang P. Ambon (kelabu), Soya P. Ambon (totol) dan Tananahu Amahai Seram Selatan (totol) teridentifikasi sebagai Spilocuscus maculatus dengan jarak genetik 0,8%. Sedangkan sampel asal P. Geser Maluku (coklat garis hitam), P. Geser Maluku (putih), Wahai Kobisonta Seram Utara (putih), Lakor Maluku Barat Daya (coklat garis hitam), P. Gorom Maluku (putih), Kariu P. Haruku (coklat garis hitam), Kariu P. Haruku (putih), Larike P. Ambon (coklat garis hitam), Allang P. Ambon (putih) teridentifikasi sebagai sampel yang termasuk genus Phalanger dengan jarak genetik 8,3 � 8,7%. Terdapat 155 situs nukleotida dan 41 asam amino yang dapat dijadikan penanda genetik dari sampel kuskus asal Maluku. Kata kunci : Kuskus, Maluku, ND 2, Gen, Molekuler

Maluku is one of islands in Indonesia which have many endemic flora and fauna. One of the endemic fauna from Maluku is couscous. Couscous is a marsupial mammal that was often hunted for consumption purposes and wildlife trade. Identification couscous is still limited to morphological differences, not quite optimal to distinguish spesies of couscous, genetic research need to help its conservation. The research objective is to obtain nucleotide sequences and genetic diversity in the mitochondrial ND2 gene couscous from Maluku. DNA samples isolated from 14 couscous origin of the eight regions in Maluku, namely the island of Ambon, Seram Island, Tobelo Island, Geser Island, Gorom Island, Haruku Island, Manipa Islan and Lakor Islan, then amplified using primers ND 2 F and ND 2 R with the technique of Polymerase Chain Reaction (PCR), amplification products of 1244 basepair (bp) and then sequenced. Sequencing of 1044 nucleotides (nt) were then analyzed using the program MEGA version of 6:06 compared with couscous from Genbank. Results of the analysis concluded that the sample possum Allang P. Ambon Maluku (gray), P. Soya Ambon (dots) and Tananahu Amahai South Seram (dots) are identified as Spilocuscus maculatus with genetic distances of 0.8%. While the the sample P. Geser Maluku (brown black line), P. Geser Maluku (white), Wahai Kobisonta North Seram (white), Lakor Southwest Maluku (brown black line), P. Gorom Maluku (white), Kariu P. Haruku (brown black line), Kariu P. Haruku (white), Larike P. Ambon (brown black line), Allang P. Ambon (white) identified as samples belonging to the genus Phalanger with genetic distance of 8.3 to 8.7%, There are 155 nucleotide sites and 41 amino acid that can be used as genetic markers of couscous samples from Maluku . Keyword : Couscous, Maluku, ND 2, Gene, Molecular

Kata Kunci : Kuskus, Maluku, ND 2, Gen, Molekuler