ANALISIS FRAGMEN GEN FUSI BCR-ABL YANG BELUM TERINDENTIFIKASI PADA KASUS CHRONIC MYELOGENOUS LEUKEMIA (CML) DI YOGYAKARTA

TRI AGUSTI SHOLIKAH, Dewi Kartikawati Paramita,S.Si.,M.Si.,Ph.D; dr. Susanna Hilda Hutajulu, Sp. PD., Ph.D

2015 | Tesis | S2 Ilmu Kedokteran Dasar dan Biomedis

Latar belakang: Diagnosis standar Chronic Myelogenous Leukemia (CML) adalah pemeriksaan keberadaan gen fusi BCR-ABL beserta tipe breakpoint-nya. Gen fusi BCR-ABL paling sedikit mempunyai 7 macam tipe breakpoint yang digolongkan menjadi 3 breakpoint cluster region gen BCR yaitu mayor, minor dan mikro. Di Yogyakarta, metode deteksi gen fusi BCR - ABL dan tipe breakpoint-nya menggunakan RT - PCR multipleks dan nested. Pemeriksaan terhadap 200 pasien menemukan fragmen dengan ukuran yang belum pernah dilaporkan sebelumnya, yaitu 500 bp (n = 11) dan 600 - 700 bp (n = 4). Analisis lebih lanjut terhadap frgamen tersebut perlu dilakukan untuk mengidentifikasi kemungkinan adanya fragmen baru selain yang telah ada. Tujuan Penelitian: Penelitian ini secara umum bertujuan untuk melakukan identifikasi fragmen ukuran 500 bp dan 600 - 700 bp dan secara khusus melakukan konfirmasi fragmen tersebut dengan RT - PCR konvensional dan nested serta melakukan analisis sekuen. Metode Penelitian: Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan desain cross sectional. Fragmen ukuran 500 bp dan 600 - 700 bp mula - mula dikonfirmasi dengan RT - PCR konvensional serta nested menggunakan primer mayor. Jika konfirmasi tersebut memberikan hasil negatif, maka metode RT - PCR multipleks serta nested pada penelitian awal diulang kembali untuk meyakinkan keberadaan fragmen tersebut. Semua pita yang mewakili tipe breakpoint yang ditemukan pada tahap konfirmasi, baik yang telah maupun belum dilaporkan sebelumnya akan disekuensing dan dibandingkan dengan sekuen yang ada di genbank. Hasil: Konfirmasi terhadap 15 sampel menunjukkan bahwa 7 sampel terkonfirmasi sebagai tipe breakpoint mayor b3a2, 5 sampel terkonfirmasi tipe breakpoint mayor b2a2, 1 sampel terkonfirmasi tipe kombinasi b3a2 dan b2a2, dan 2 sampel terkonfirmasi tipe kombinasi b3a2 dan b2a2 serta mempunyai pita tambahan ukuran sekitar 500 bp. Hasil analisis sekuen menunjukkan terdapat 3 macam variasi sekuen pada 2 sampel tipe breakpoint mayor b3a2. Dua variasi yang ditemukan belum pernah dilaporkan sebelumnya yaitu c.3245C > T, c.3359T > C, sedangkan 1 variasi pernah dilaporkan sebelumnya yaitu c.3296T > C. Pita ukuran 500 bp menunjukkan sekuen yang sama dengan tipe breakpoint mayor b3a2 dari genbank. Kesimpulan: Fragmen ukuran 500 bp dan 600 - 700 bp terkonfirmasi sebagai tipe breakpoint mayor. Terdapat variasi sekuen pada tipe breakpoint mayor b3a2 pada pasien CML di Yogyakarta.

Background: Detection of BCR - ABL fusion gene and its breakpoint type is established as diagnosis of Chronic Myelogenous Leukemia (CML). At least, 7 breakpoint types was reported and classified into 3 breakpoint cluster regions in BCR gene, which are major, minor and micro. In Yogyakarta, detection of BCR - ABL fusion gene in CML patients was perfomed using multiplex RT - PCR and nested PCR. Initial study to 200 CML patients had been done and new fragments was found at size 500 bp (n = 11) and 600 - 700 bp (n = 4). Further analysis need to be done to identify those fragments. Objective : The aim of this study is to identify fragments at 500 bp and 600 - 700 bp in size and particullary to confirm the fragments by conventional RT - PCR and nested PCR and to do DNA sequencing to those fragments. Methods : This descriptive study was performed using cross sectional design. Fragments at 500 bp and 600 - 700 bp in size was amplified by using conventional RT - PCR and nested PCR using primer specific for major breakpoint type. When the amplification gave negative result, amplification initial multiplex RT-PCR and nested PCR was done. All breakpoint type found in every stage of confirmation were analyzed by DNA sequencing. Results : Seven of 15 was confirmed as b3a2 major breakpoint type, 5 samples was confirmed as b2a2 major breakpoint type, 1 sample has a combination of both b3a2 and b2a2 type and 2 samples have a combination of both b3a2 and b2a2 type with additional band at 500 bp. Sequence analysis result shows that there are 3 sequence variations. Two new variations found are c.3245C > T and c.3359T > C. One variation has been reported by other previous study is c.3296T > C. Fragments at 500 bp size confirmed as b3a2 breakpoint type, which similar with the sequence in genbank. Conclusion: Fragment at 500 bp and 600 - 700 bp confirmed as major breakpoint types. Sequence variations in b3a2 major breakpoint type was found in CML patients in Yogyakarta

Kata Kunci : CML, Gen fusi BCR-ABL, tipe breakpoint; CML, BCR-ABL fusion gene, breakpoint type