Analisis Kekerabatan Caplak Anjing Rhipicephalus sanguineus Berdasarkan Sekuen DNA Ribosomal (rDNA) Regio ITS2

ALAN CHANDRASAPUTRA, drh. Ana Sahara, M.Si

2015 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Caplak Rhipicephalus sanguineus merupakan ektoparasit dari hewan kesayangan seperti anjing serta memiliki distribusi yang luas. Luasnya distribusi anjing membuat perannya sebagai hospes dan penyebar R. sanguineus berakibat pada distribusi caplak R. sanguineus yang luas pula. Di Indonesia, penyebaran R. sanguineus termasuk memiliki cakupan distribusi yang luas serta memungkinkan caplak R. sanguineus memiliki variasi genetik pada susunan materi genetiknya. Analisis genetik hubungan kekerabatan akan membantu pemetaan genetik caplak R. sanguineus serta variasi genetik yang ada di Indonesia. Sampel diperoleh dari caplak yang terdapat di Banda Aceh, Bekasi, dan Sleman. Isolasi DNA dilakukan dengan menggunakan Genomic® DNA Mini Kit (Tissue) GT 100. Hasil isolasi kemudian diamplifikasi dengan primer BO2F dan BO2R dengan teknik PCR. Sampel kemudian dilakukan sekuensing di PT. Genetika Science, Jakarta. Analisis data dilakukan dengan Molecular Evolutionary Genetic Analysis (MEGA) versi 6.06. Pohon filogenetik dianalisis dengan metode Neighbor-Joining dan nilai bootstrap 1000. Produk PCR yang dihasilkan berukuran 1079 bp. Sampel caplak isolat Aceh memiliki hubungan kekerabatan yang identik dengan jarak genetik 0,0000 (0%) dengan data R. sanguineus dari Genbank. Sedangkan, sampel caplak isolat dari Bekasi memiliki jarak genetik lebih besar sebesar 0,0082 (0,82%) bila dibandingkan dengan data Genbank dan berjarak genetik lebih kecil dengan R. turanicus sebesar 0,0041 (0,41%) dan bukan termasuk R. sanguineus.

Rhipicephalus sanguineus is an ectoparasite of dog that has spread widely because of dog wide distribution as a companion animal. The wide distribution of R. sanguineus will increase the chance of genetic variation between different geographical locations. This study is to analysis the genetic variation and to help genetic mapping of R. sanguineus in Indonesia and to assist genetic mapping and identification of Indonesian ticks of R. sanguineus Tick genetic analysis was done by sequencing the ribosomal DNA of the ITS2 region. Through sequencing method, the amplified DNA from polymerase chain reaction (PCR) amplification was sequenced. The sample were obtained from Aceh, Bekasi, and Sleman. The isolation process was done by using isolation kit from Genomic® DNA Mini Kit (Tissue) GT100. The primers that were used for amplification were BO2F and BO2R. The samples were through sequencing process in PT. Genetics Science, Jakarta. The data analysis was performed with the version 6.06 of Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) program. The phylogenetic tree was then analyzed by Neighbor-Joining method with 1000 bootstrap values. The PCR product is 1079 bp of partial ITS2 regio. Tick sample from Aceh has identic genetic distance by 0,0000 (0,00 %) with R. sanguineus from Genbank which means they are identic and can be grouped as R. sanguineus. Meanwhile, the sample from Bekasi has higher genetic distance 0,0082 (0,82%) with the other samples of R. sanguineus and Genbank data. The sample from Bekasi is grouped together with R. turanicus and most likely not included into R. sanguineus species.

Kata Kunci : Rhipicephalus sanguineus, dog, rDNA, ITS-2, geographic distribution, sequencing, polymerase chain reaction (PCR)