ANALISIS FILOGENETIK TUMBUHAN LAMUN DI SEKOTONG, LOMBOK BARAT DENGAN DNA BARCODING GEN rbcL

STEVANUS, Rina Sri Kasiamdari, S.Si., Ph.D. dan Ir. Made Pharmawati, M.Sc., Ph.D

2015 | Skripsi | BIOLOGI

Studi keanekaragaman tumbuhan lamun telah banyak dilakukan di Indonesia dan berbagai tempat di dunia sehingga berbagai data keanekaragaman tersebut telah dihasilkan melalui proses identifikasi morfologi. Namun, hingga saat ini data molekular mengenai keanekaragaman dan analisis filogenetik dari jenis-jenis tumbuhan lamun di Indonesia masih sangat terbatas, sedangkan tekanan aktivitas manusia terhadap lingkungan dapat menjadi faktor pemicu kepunahan spesies tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keanekaragaman dan melakukan analisis filogenetik tumbuhan lamun di Lombok Barat dengan menggunakan data molekular. Dari hasil yang ada dapat dibangun sebuah basis data terhadap keanekaragaman lamun di Indonesia. Sebanyak 35 sampel dari tujuh spesies yang teridentifikasi secara morfologi diambil dari empat pantai Gili di Sekotong, Lombok Barat kemudian dilakukan ekstraksi DNA dan amplifikasi terhadap gen rbcL dari genom kloroplas. Gen yang telah diamplifikasi kemudian di sekuen dan di BLAST ke GenBank. Analisis filogenetik dilakukan menggunakan tiga algortima evolusioner, yaitu Neighbor-Joining, Maximum Likelihood dan Bayesian menggunakan MEGA5 dan MrBayes3 dengan bootstrap 1000. Lokus rbcL dari keseluruhan sampel berhasil diamplifikasi dengan panjang maksimum 552 pasang basa. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa terbentuk enam clade, yaitu clade Enhalus acoroides, Thalasia hemprichii, Halophila complex, Halodule pinifolia, Syringodium isoetifolium, dan Cymodocea rotundata dengan nilai bootstrap di atas 95% untuk Neighbor-Joining dan Bayesian. Pembagian clade terjadi berdasarkan Familia dan Genus. Situs polimorfik tidak ditemukan pada intraspesies dan nilai p-distance antar clade berkisar pada 0,008-0,097%. Sekuen rbcL belum dapat memberikan gambaran pembagian clade berdasarkan spesies sehingga diperlukan analisis lanjutan menggunakan tambahan lokus DNA untuk mengkonfirmasi filogeni hingga pada level spesies.

Studies on seagrass biodiversity have been done in Indonesia and many sites around the world and produced many data of seagrass biodiversity by morphological identifications. However, the molecular data about biodiversity and phylogenetic analysis of Indonesian seagrass still scanty, whereas the pressure to the ecosystem by human activities can be one of factors to the extinction of certain species. The aim of the research were to identify the biodiversity and analyze the phylogeny of seagrass in West Lombok using molecular data. Results can be used to build database of Indonesian seagrass biodiversity. As many as 35 samples from 7 morphological-identified species were taken from 4 Gili beaches in Sekotong, West Lombok then extracted to gain the DNA and amplified for gene rbcL from chloroplast genome. The amplified gene then sequenced and BLAST to GenBank. Phylogenetic analysis was carried out using three evolutionary algorithms, which were Neighbor-Joining, Maximum Likelihood and Bayesian using MEGA5 and MrBayes3 with 1000 bootstrap. rbcL loci was successfully amplified from all samples with maximum length of 552 base pairs. Phylogenetic analysis showed that there were 6 clades, which are Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, Halophila complex, Halodule pinifolia, Syringodium isoetifolium and Cymodocea rotundata by more than 95% of bootstrap for Neighbor-Joining and Bayesian. Clades were split by family and genera. Polymorphic site was not found in intraspecies and p-distance values was 0.008-0.097%. rbcL sequence still not resolve the clade splitting into species level so further analysis using addition loci is needed to confirm the phylogeny into species level.

Kata Kunci : seagrass, Sekotong, rbcL, phylogenetic analysis, DNA barcoding