DETECTION OF FELINE PARVOVIRUS IN SUSPECTED CATS BY POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) USING CANINE PARVOVIRUS PRIMER

VENISRI PRITHIVI RAJ, Dr. drh. Aris Haryanto, M.Si

2015 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi adanya Feline Parvovirus pada sampel darah kucing yang terduga dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan menggunakan gen VP2 dari Canine Parvovirus sebagai primer. Penelitian ini menggunakan 11 sampel darah segar dari kucing yang terduga FPV yang didapat dari Laboratorium Ilmu Penyakit Dalam FKH UGM, QTY Pet Care Semarang dan Klinik Medania Yogyakarta. DNA dari virus pertama-tama diekstraksi dari darah menggunakan metode isolasi DNA. Kemudian template DNA yang diekstraksi diamplifikasi dengan menggunakan metode PCR menggunakan primer CPV untuk target gen penyandi viral protein-2, VP2. Produk PCR kemudian divisualisasikan menggunakan 1% Agar Rose Gel sebagai media elektroforesis pada UV transilluminator. Nilai positif diindikasikan dengan terdapatnya band fragmen DNA 518 bp yang dapat diinterpretasikan sebagai positif FPV pada sampel darah yang diambil. Produk PCR kemudian dikirim untuk sekuensing dengan tujuan untuk menentukan sekuens dari basa nukleotida dari gen VP2. Sekuens yang didapat kemudian dihubungkan menggunakan metode multiple alignment dengan 3 isolat FPV yang didapatkan dari database GenBank menggunakan program MEGA6.06 Dari 11 sampel darah kucing, 8 sampel terindikasi positif infeksi FPV. Hal ini menunjukkan bahwa metode PCR dapat digunakan sebagai diagnosa kuat untuk mendeteksi virus FPV pada sampel yang didapatkan dari pasien yang terduga FPV. Metode PCR konvensional juga digunakan untuk menetapkan penyebab dari gejala klinis pada kucing yang terinfeksi seperti gastroenteritis yang cukup umum pada infeksi-infeksi virus.

The aim of this research is to detect the presence of Feline Parvovirus in blood samples of cats suspected of FPV by Polymerase Chain Reaction (PCR) method using the VP2 gene of Canine Parvovirus as the primer. This research used 11 fresh blood samples of cats suspected of FPV which were obtained from the Internal Medicine Laboratory of Faculty of Veterinary Medicine at University of Gadjah Mada, Yogyakarta, QTY Pet Care Semarang and Medania Clinic Yogyakarta. The DNA of the virus was first extracted from the blood using DNA isolation method. Then the template was used for amplification by PCR method using CPV primers to target the protein-coding gene, VP2. The PCR products were then visualized using 1% Agar Rose Gel as a medium in the electrophoresis process in a UV Transilluminator. A positive result was indicated by the appearance of a DNA fragment of 518 bp which can be interpreted as the presence of FPV in the obtained blood samples. PCR products were then sent for sequencing to determine the sequence of the nucleotide bases of the VP2 gene. The sequences obtained were aligned using multiple alignment method with 3 FPV isolates obtained from the database of GenBank using the MEGA6.06 program. Of the 11 cat blood samples obtained, 8 samples indicated positive with FPV infection. This shows that PCR method can be used as a solid diagnosis to detect FPV virus in samples derived from blood specimens from patients suspected of FPV. Conventional PCR method was also used to confirm the cause of the symptoms shown by the infected cats as some of the symptoms such as gastroenteritis is quite common among many other viral infection.

Kata Kunci : Feline parvovirus, VP2 genes, PCR, sequencing, electrophoresis