Kajian Keanekaragaman Genetik Gen Penyandi ATP Synthase F0 Sub-unit 6 (ATP6) pada Rusa Timor (Rusa timorensis) di Taman Rusa Universitas Gadjah Mada

SUKMASARI ARIFAH, drh. Aris Purwantoro, M.Si

2015 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Rusa Timor adalah salah satu rusa asli Indonesia. Saat ini populasi rusa Timor terus menurun akibat berkurangnya habitat alami dan perburuan liar. Sehubungan dengan hal tersebut maka perlu dilakukan konservasi secara in situ dan ex situ. Kajian keanekaragaman genetik bermanfaat sebagai informasi penunjang dalam usaha konservasi. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji keanekaragaman genetik dan hubungan kekerabatan rusa Timor di Taman Rusa UGM terhadap rusa lainnya menggunakan gen penyandi ATP6 dan mengetahui kemungkinan gen tersebut sebagai penanda genetik. Penelitian menggunakan DNA rusa Timor yang diisolasi dari darah. Amplifikasi dengan primer APRA6C3 forward dan APRA6C3 reverse. Ampikon yang dihasilkan akan disekuensing. Hasil sekuensing disejajarkan secara berganda menggunakan program Clustal W, dianalisis menggunakan program MEGA 6.0 dan dibandingkan dengan rusa lainnya yang diambil dari Genbank. Perbedaan genetik tidak ditemukan di antara kelima sampel. Hasil menunjukkan amplikon sepanjang 1634 bp, terdapat 40 situs nukleotida, dan 5 situs asam amino berbeda yang dapat digunakan sebagai penanda genetik antara rusa Timor dengan spesies pembanding. Hasil filogram menunjukkan rusa Timor dari Taman Rusa UGM memiliki kekerabatan paling dekat dengan R. timorensis (Genbank).

Timor deer is one of the native deer in Indonesia. Timor deer population continues to decline due to natural habitat degradation and poaching. Therefore, conservation in situ and ex situ is necessary. The study of genetic diversity performed as supporting information for that conservation. The purpose of this research was to assess the genetic diversity and kinship of Timor deer in Taman Rusa UGM with other deer based on ATP6 coding genes and determine the possibility of such genes as genetic markers. This study used Timor deer DNA which isolated from blood. DNA amplification with primers APRA6C3 forward and APRA6C3.amplification products would be sequenced. Sequences were aligned by Clustal W program, analyzed with MEGA 6.0 software, then compared with other deers from Genbank Genetic diversity was not found between samples. The results showed 40 sites of different nucleotides and 5 sites of different amino acids which could be used as genetic marker between Timor deers and comparator species. Filogram showed the closest kinship of Timor deers in Taman Rusa UGM with R. timorensis (Genbank).

Kata Kunci : Rusa timorensis, ATP6, filogenik, Cervidae, DNA mitokondria