Analisis Sekuen IVS II Gen Beta-Globin pada Carrier Beta-Thalassemia

NUR AFNI SURAYA B, Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.

2015 | Tesis | S2 Biologi

β-thalassemia adalah kelainan genetik yang bersifat autosomal resesif, yang ditandai dengan menurunnya kadar hemoglobin dalam darah. β-thalassemia disebabkan oleh mutasi gen β-globin pada kromosom 11 yang mempengaruhi seluruh produksi rantai β-globin seperti transkripsi, translasi, dan kestabilan produksi rantai β-globin. Jumlah carrier β-thalassemia di Indonesia telah mencapai angka 3-10%. Salah satu upaya tindakan pencegahan peningkatan jumlah penderita β-thalassemia adalah melalui identifikasi tipe dan letak mutasi carrier β-thalassemia pada tingkat populasi. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang mengkaji tentang tipe dan letak mutasi pada gen β-globin carrier β-thalassemia. Selain itu, penelitian ini juga mengkaji hubungan perubahan asam amino dengan struktur protein β-globin. Metode yang digunakan yaitu isolasi, amplifikasi, elektroforesis, dan sekuensing gen β-globin dari 6 orang carrier β-thalassemia. Analisis data dilakukan dengan membandingkan hasil sekuensing dengan sekuen gen yang telah ada di GeneBank menggunakan basic local allignment search tool nucleotide (BLASTN) dan interpretasi mutasi terhadap struktur protein β-globin. Hasil allignment menunjukkan adanya mutasi titik berupa subtitusi (transisi dan transversi pada IVS I dan IVS II, serta silent mutation pada ekson 1), insersi, dan terdapat juga polimorfisme. Letak mutasi yang terdapat pada subjek penelitian ini adalah pada ekson 1, IVS I, dan IVS II. Ekson 1 yaitu pada Cd-2 T>C, IVS I pada IVS-I-5 nt 147 G>C, dan IVS II pada IVS-II-391 nt 886 C>G, serta poliformisme pada IVS-II-16 nt 511 G>C, IVS-II-74 nt 569 T>G, IVS-II-666 nt 1161 C>T. Tidak terjadi perubahan struktur protein β-globin karena silent mutation tidak mengubah asam amino yang dikodekan.

β-thalassemia is a genetic disorder that is autossomal recessive, which is characterized by reduced levels of hemoglobin in the blood. β-thalassemia in caused by β-globin gene mutation in chromosome 11 that affect the production of β chains such as transcription, translation, and stability of the production of beta globin chains. The number of β-thalassemia carriers in Indonesia has reached 3-10%. One effort prevention increasing in the number of β-thalassemia patients is through the identification of the type and location of β-thalassemia carriers mutation at the population level. This research is a descriptive study that examines the type and location of mutations in β-globin gene of β-thalassemia carrier. In addition, this study also examines the relationship of amino acid changes in the protein structure of β-globin. Methods used are isolation, amplification, electrophoresis, and β-globin gene sequencing of 6 samples β-thalassemia carrier. Data analysis will be done by comparing the results of sequencing and the gene sequence that has existed in GeneBank using the basic local allignment search tool nucleotide (BLASTN) program and interpretation of the mutations on protein structure of β-globin. Alignment results indicate a subtitution mutation (type of transition and transversion mutation in the region IVS I and II, and silent mutation at exon 1), insertion mutation, and polymorphism. Location of mutations found in this research subject is in exon 1, IVS I, and IVS II. Exon 1 is on Cd-2 T>C, IVS I in IVS-I-5 nt 147 G>C, and IVS II on IVS-II-391 nt 886 C>G, polimorphism at IVS-II-16 nt 511 G>C, IVS-569 II-74 nt T>G, IVS-II-666 nt 1161 C>T. No changes in β-globin protein structure as a silent mutation does not change the amino acids encoded.

Kata Kunci : carrier β-thalassemia, β-globin, IVS II