PENGEMBANGAN PENANDA GENETIK UNTUK JERUK (Citrus sp.) DAN KERABATNYA TERKAIT RESPON TANAMAN TERHADAP PENYAKIT HUANGLONGBING

PUTRI PRASETYANINGRU, Dr. Panjisakti Basunanda, S.P., M.P.

2014 | Tesis | S2 Pemuliaan Tanaman

Jeruk adalah salah satu jenis tanaman buah utama dan telah dibudidayakan secara luas di Indonesia. Namun, pengembangan komoditas ini terhambat dengan adanya penyakit huanglongbing (HLB) yang menyerang sentra pertanaman jeruk di berbagai wilayah di Indonesia. Penelitian ini dilakukan berdasarkan hasil penelitian sebelumnya mengenai dugaan penanda genetik yang berasosiasi dengan kerentanan terhadap HLB. Tanaman yang digunakan adalah 25 jenis/spesies jeruk (Citrus sp.) dan kerabat liarnya. Pengembangan penanda genetik dilakukan dengan menggunakan metode SCAR (Sequenced Characterized Amplified Region) berdasarkan penelitian sebelumnya dimana didapatkan satu fragmen spesifik yang berasosiasi dengan kerentanan terhadap HLB. Expressed Sequence Tag (EST) merupakan hasil pembacaan sekitar 200 – 800 pasang basa yang dihasilkan dari pemilihan klon cDNA secara random, sebagai representasi dari sebagian genom yang telah terekspresi. Dalam penelitian ini juga digunakan 5 pasang penanda EST untuk melihat profil genetik dari tanaman jeruk tersebut terkait dengan ketahanan terhadap penyakit HLB. Hasil yang diperoleh terlihat keragaman ukuran fragmen DNA yang dihasilkan oleh 3 primer, yaitu primer CSD1, EDS1, dan WRKY40 pada beberapa jenis jeruk dan kerabatnya. Ketiga penanda ini dapat digunakan untuk karakterisasi sekuen yang berkaitan dengan respon tanaman terhadap HLB, namun tidak dapat digunakan sebagai penanda genetik untuk derajat toleransi tanaman terhadap HLB. Telah terkonfirmasi bahwa primer PA02 (hasil dari pengembangan penanda RAPD OPA02) tidak dapat digunakan sebagai penanda respon tanaman terhadap HLB.

Citrus is one of important fruit plants and has been widely cultivated in Indonesia. However, the fruit production of this crop is hampered by huanglongbing (HLB) disease that attacks Citrus cultivation in various areas in Indonesia. The symptoms of this disease appear in various parts of the plant, including yellow mottle leaf, assimetric shape of the fruit and sour taste of the fruit. This research was conducted based on results of previous research on the genetic markers that indicated to be related with susceptibility to HLB. This putative marker was then assembled to SCAR primer pair. Together with five Expressed Sequence Tag (EST)-based STS markers, 25 species of Citrus and its wild relatives were genotyped. Their probable responses to HLB were determined from available literature. Gel image analysis was conducted using Sequentix-GelQuest for analyzing gel image, and genetic distance was analyzed using SequentixClusterVis. Fisher exact test was used to determine relationship between the level of response and the presence of fragments that were amplified by the primers in a certain size. Primers developed from CSD1, EDS1, and WRKY40 loci were amplified and showed diversity in DNA profile among species observed. However, these 3 primers can not be used as a genetic marker for the degree of tolerance of plants to HLB. The SCAR-primer can not amplified DNA samples due to DNA impurity during sequencing process. A wide scale research in Citrus diversity and primer modification are needed for further research

Kata Kunci : jeruk dan kerabatnya, huanglongbing (HLB), respon, toleransi, penanda genetik