KARAKTERISASI FRAGMEN 0,4 kb GEN PUTATIF LIPASE DARI BAKTERI Alcaligenes sp. JG3

NORMAN YOSHI H, Dr. Tri Joko Raharjo, M.Si ; Deni Pranowo, S.Si, M.Si

2014 | Skripsi | S1 KIMIA

Telah dilakukan karakterisasi fragmen 0,4 kb gen putatif lipase dari bakteri Alcaligenes sp. JG3. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengamplifikasi DNA bakteri Alcaligenes sp. JG3 menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction) sehingga dapat ditentukan urutan gen tersebut dan juga melakukan analisis homologi gen pengkode lipase dari bakteri Alcaligenes sp. JG3 terhadap bakteri Alcaligenes lainnya. Penelitian ini diawali dengan mendesain primer dari gen lipase bakteri Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NCIB 8687. Amplifikasi dengan PCR dilakukan dengan kondisi predenaturasi pada 95 °C selama 5 menit yang diikuti dengan 35 siklus, denaturasi pada 95 °C selama 1 menit, annealing pada 52 °C selama 1 menit dan ekstensi pada 72 °C selama 1 menit. Proses ekstensi terakhir diperpanjang selama 5 menit. DNA hasil amplifikasi kemudian dianalisis menggunakan elektroforesis gel agarosa dan diamati dengan spektrofotometer UV-Visible. Fragmen DNA yang diperoleh kemudian disekuensing dan dianalisis kemiripannya terhadap gen pengkode lipase lain pada bank gen. DNA genomik dan plasmid diamplifikasi menggunakan primer hasil desain yaitu primer forward 5- GTCTACAGCAATCCCAAGAC-3 dan primer reverse 5- GGAGGGGTAAATCCACAGTT-3. DNA genomik dan plasmid berhasil diamplifikasi dengan ukuran 416 pb (0,4 kb) dan 393 pb (0,3 kb). Hasil pensejajaran dengan gen lipase Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NCIB 8687 diperoleh persentase kemiripan sebesar 87,74% untuk DNA genomik dan 73,28% untuk DNA plasmid. Berdasarkan hasil tersebut dapat diperkirakan bahwa fragmen 0,4 kb merupakan bagian dari gen putatif lipase dari bakteri Alcaligenes sp. JG3.

Characterization of 0.4 kb putative lipase gene from bacterium Alcaligenes sp. JG3 had been carried out. The purposes of this study were to amplify the DNA of Alcaligenes sp. JG3 using PCR (Polymerase Chain Reaction) in order to know the sequence of the DNA and to do homology analysis towards lipase gene from other Alcaligenes. This study was begun by designing primer from lipase gene of bacterium Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NCIB 8687. PCR amplification underwent process consist of predenaturation at 95 °C for 5 minutes followed by 35 cycles of denaturation at 95 °C for 1 minute, annealing at 52 °C for 1 minute and extension at 72 °C for 1 minute. The last extension was prolonged for 5 minutes. Amplified DNA was analysed using agarose gel electrophoresis and spectrophotometer UV-Visible. The DNA fragments were sequenced and analysed to determine the homology towards others lipase gene from genebank. Genomic and plasmid DNA were amplified using designed primer which were 5-GTCTACAGCAATCCCAAGAC-3 as forward primer and 5- GGAGGGGTAAATCCACAGTT-3 as reverse primer. The primers were able to amplify the genomic DNA whose size is 416 bp (0.4 kb) and plasmid DNA whose size is 393 bp (0.3 kb). The aligment analysis showed that the homology of genomic DNA fragment towards lipase gene Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NCIB 8687 is up to 87.74%, while plasmid DNA is only 73.28%. Based on those results, the 0.4 kb fragment is likely to be the part of the putative lipase gene from Alcaligenes sp. JG3 bacterium.

Kata Kunci : Alcaligenes sp. JG3, enzim lipase, PCR