ANALISIS GEN NS3 PROTEASE VIRUS DENGUE ISOLAT KLINIS SUKABUMI, JAWA BARAT

JONI HENDRI, DR. biol. hom Nastiti Wijayanti, S.Si., M.Si.

2015 | Tesis | S2 Bioteknologi

Infeksi virus dengue merupakan salah satu penyakit menular yang sering menyebabkan kematian. Sampai saat ini, ditemukan 4 serotipe virus dengue yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3 dan DENV-4. Semua serotipe virus dengue dapat menyebabkan spektrum penyakit, mulai dari tidak bergejala, dengue fever (DF), dengue haemorrhagic fever (DHF), dan dengue shock syndrome (DSS). Genom virus dengue memiliki open reading frame (ORF) yang mengkode tiga protein struktural dan tujuh protein non-struktural. Protein struktural virus dengue terdiri dari capsid (C), membrane (M), dan envelope (E), sedangkan protein non-struktural terdiri dari NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, dan NS5. Salah satu protein non-struktural adalah NS3, merupakan protein multifungsi yang terdiri dari dua domain yaitu protease dan helikasi. Gen NS3 protease memiliki situs penting yang dipertahankan dengan baik yaitu triad catalytic dan binding substrate. Percobaan mutagenesis pada situs tersebut menunjukkan adanya pengaruh pada efisiensi dari aktivitas katalitik protease virus dengue. Penelitian terbaru menginformasikan adanya mutasi pada situs penting tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi perbedaan sekuen gen NS3 protease virus dengue yang berasal dari isolat klinis Sukabumi serta mengetahui hubungannya dengan derajat keparahan penyakit. Two- Step RT-PCR dilakukan untuk amplifikasi gen NS3 protease. Sekuensing dilakukan untuk memperoleh sekuens gen NS3 protease. Hasil penyelarasan menujukkan adanya perbedaan sekuen gen NS3 pada beberapa posisi tertentu dibandingkan dengan strain rujukan. Namun demikian, situs penting dari gen NS3 protease tetap dipertahankan dengan baik. Hasil prediksi struktur protein dan statistik menunjukkan tidak ada hubungan yang signifikan antara perbedaan gen NS3 protease dengan derajat keparahan pada sampel penelitian. Kata Kunci : NS3 protease, virus dengue, keparahan penyakit, Sukabumi, Two-Step RT-PCR

Dengue virus infection is one of the infectious diseases which often lead to death. So far, 4 serotype of dengue virus have been found, namely DENV-1, DENV- 2, DENV-3 and DENV-4. All dengue virus serotypes can lead to spectrum of diseases, starting from asymptomatic, dengue fever (DF), dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue shock syndrome (DSS). Dengue virus genome contain an open reading frame (ORF) that encodes three structural proteins and seven nonstructural proteins. The structural proteins are capsid (C), membrane (M), envelope (E), and the non-structural proteins are NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, and NS5. One of the non-structural proteins is NS3, the multifunctional protein which are consists of two domains, namely protease and helikase. NS3 protease genes contained two sites which are very high conserved, namely triad catalytic and binding substrate. Mutagenesis experiments on the both site shows influence on the efficiency from catalytic activity of dengue virus. Recent study shows the mutation in these important sites. The purpose of this study was to identify the dengue virus NS3 protease gene differences from Sukabumi clinical isolates, and also to identify its correlation against disease severity. Two-Step RT-PCR method has been done to amplify NS3 protease genes. The Sequencing was done to identify NS3 protease gene sequens. The alignment results indicated a differences of NS3 protease gene in some certain positions compared to the references strain. Nevertheless, an important site of the NS3 protease gene was conserved well. Protein structure prediction and statistics results show that there is no significant correlation between NS3 protease gene changes against disease severity on a sample of research. Key Word: NS3 protease, dengue virus, disease severity, Sukabumi, Two-Step RTPCR

Kata Kunci : NS3 protease, virus dengue, keparahan penyakit, Sukabumi, Two-Step RT-PCR; NS3 protease, dengue virus, disease severity, Sukabumi, Two-Step RTPCR