ANALISIS VARIASI GENETIK MELON (Cucumis melo L. cv. Melodi Gama 3) DENGAN RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA

DHARMAJATI PUSPANINGTYAS, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc

2014 | Skripsi | BIOLOGI

Melon (Cucumis melo L.) berkontribusi besar dalam menyumbangkan Anggaran Pemasukan Bulanan Negara (APBN) Indonesia. Mulai tahun 2005 produksi buah melon mengalami peningkatan yang signifikan, tetapi pada tahun 2012 terjadi penurunan produksi melon akibat gagal panen pada kondisi cuaca ekstrem. Pemerintah mengimpor melon untuk mencukupi kebutuhan pasar. Melon (Cucumis melo L.) kultivar Melodi Gama 3 (MG 3) merupakan hasil pemuliaan tanaman melalui conventional breeding yang berpotensi dijadikan sebagai produk melon unggul, dirakit untuk tahan terhadap cuaca ekstrim dan mengandung gen ketahanan terhadap Kyuri green mottle mosaic virus isolat Indonesia (KGMMV-YM) serta gen ketahanan terhadap jamur tepung. Karakter fenotip kultivar MG 3 telah diketahui, namun perlu diketahui karakter genotipnya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi genetik melon kultivar MG 3 dengan kedua induknya. Metode Polymerase Chain Reaction- Random Amplified Polimorphic DNA (PCR-RAPD) dengan 10 primer RAPD digunakan untuk menganalisis variasi genetik pada melon kultivar MG 3. Tingkat similiaritas genetik ditentukan dengan rumus Simple Matching Coefficient (SSM) dan dendogram dikonstruksi dengan analisis pengklasteran Unweight Pair-Group Using Arithmatic Averages (UPGMA) menggunakan software Multi Variate Statistical Package (MVSP). PCR-RAPD dengan 10 primer menghasilkan 84 lokus, 25% diantaranya merupakan pita DNA polimorfik. Hasil analisis variasi genetik menunjukkan bahwa kultivar MG 3 telah berbeda dengan kedua induknya, dengan tingkat similiaritas 88%. Kultivar MG3 memiliki pita DNA spesifik yang membedakan dengan kedua induknya, yaitu pada ukuran 747 bp dengan primer OPAJ-18, pada ukuran 517 bp, 364 bp, dan 324 bp dengan primer BC-551, pada ukuran 782 bp pada primer BC-288, dan pada ukuran 584 bp pada OPR-01.

Melon (Cucumis melo L.) extend great contribution in national economic since 2005. Melon production have been significantly increase since then. However, in 2012 bad weather caused melon production decreased. Hence, the government imported melon to answer the market demand. Melon cultivar Melodi Gama 3 (MG 3) is excellent cultivar that has been made by conventional breeding to face weather stress and contains Kyuri green mottle mosaic virus Indonesian isolate (KGMMVYM) tenacity, and Powdery Mildew tenacity. Melon MG 3 cultivar has been characterized phenotypically , yet has not the genetic variation toward the other commercial melon. The objective of this experiment was to analyzed genetic variation in melon cultivar MG 3, discovered the genetic relationship and similarity index in melon cultivar MG 3 towards the ancestral. Genetic variation in melon cultivar MG 3 was analyzed with Polymerase Chain Reaction-Random Amplified Polymorphic DNA (PCR-RAPD) technique using 10 primers. The Similarity index was measured by Simple Matching Coefficient (SSM). Dendogram was constructed using Multi Variate Statistical Package (MVSP) software. PCR-RAPD using 10 primers produced 84 loci, consisting of 25% polymorhic DNA. The genetic analysis variation result sugest that melon cultivar MG 3 is different from its anchestor with 88% similiarity. Cultivar MG 3 has specific DNA bands that can be distinguish form their anchestal on the size of 747 bp produced by OPAJ-18 primer, on 517 bp, 364 bp, and 324 bp, produced by BC-551 primer, on 782 bp, by BC-388 primer, and on the size 585 bp by OPR-01 primer.

Kata Kunci : Cucumis melo L. cv. Melodi Gama 3, Genetics Variation, PCR-RAPD, MVSP