POLA EKSPRESI GEN Hd3a DALAM SIKLUS DIURNAL PADA MASA TRANSISI PEMBUNGAAN PADI HITAM (Oryza sativa L. 'Cempo Ireng')

ASRI YULIANI, Dr. Yekti Asih Purwestri, S.Si., M.Si.

2014 | Skripsi | BIOLOGI

Oryza sativa L. 'Cempo Ireng' adalah salah satu jenis padi hitam lokal yang dibudidayakan di Indonesia. Studi biologi molekular telah menemukan beberapa gen yang terlibat dalam proses pembungaan padi yang disebut florigen. Salah satu gen kunci yang berperan dalam induksi pembungaan padi yaitu gen Hd3a (Heading date 3a). Hd3a merupakan ortholog dari gen FT (Flowering Locus T) pada Arabidopsis thaliana. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pola ekspresi gen Hd3a pada siklus diurnal Oryza sativa L. 'Cempo Ireng' umur 70 HST dan 90 HST. Berdasarkan penelitian Susila (2012), masa transisi pembungaan Oryza sativa L. 'Cempo Ireng' terjadi sekitar 70 HST. Pada penelitian ini, pengambilan sampel dilakukan pada 70 HST dan 90 HST dengan interval waktu 4 jam, yakni pukul 08.00, 12.00, dan 16.00 WIB. Metode penelitian meliputi isolasi RNA dengan RNeasy Plant Mini Kit, kemudian uji kuantitatif RNA total hasil isolasi dengan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm dan 280 nm. Sintesis cDNA dengan RT-PCR, dilanjutkan dengan amplifikasi gen Hd3a dan Ubiquitin sebagai kontrol internal. Ekspresi gen divisualisasi menggunakan elektroforesis dan estimasi tingkat ekspresi gen Hd3a dengan software ImageJ. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa RNA hasil isolasi memiliki kualitas baik, dengan rasio 1,9-2,3. Hasil amplifikasi gen Ubiquitin berada pada kisaran 239 bp dan gen Hd3a berada pada kisaran 229 bp. Hasil akhir menunjukkan pola ekspresi gen Hd3a pada pukul 08.00 memiliki tingkat ekspresi 2-4 kali lebih tinggi dari pukul 12.00 dan 16.00.

Oryza sativa L. 'Cempo Ireng' is one of the local black rice cultivars that exist in Indonesia. Study on molecular biology have found several genes that involved in rice flowering process, called florigen. One of the key genes that play a role in flowering induction of rice is Hd3a (Heading date 3a) gene. Hd3a is an ortholog of FT (Flowering Locus T) gene in Arabidopsis thaliana. The objective of this research was to evaluate the pattern of Hd3a gene expression time in the diurnal cycle during the flowering transition phase. Previous research by Susila (2012), found that flowering transition phase of Oryza sativa L. 'Cempo Ireng' was occured approximately at 70 DAP. In this research, sampling was done at 70 DAP and 90 DAP each at 4 hour intervals, i.e. 08.00, 12.00, and 16.00 o'clock. Research method consists of RNA isolation using RNeasy Plant Mini Kit, quantitative assay of total RNA isolated by a spectrophotometer at wavelength 260 nm and 280 nm. cDNA synthesis was done by RT-PCR and then amplification of Hd3a genes and Ubiquitin as an internal control. Gene expression was visualized by electrophoresis and estimation of Hd3a gene expression levels by ImageJ software. The result showed that isolated RNA had a good quality with the ratio of 1.9 to 2.3. Amplified result showed that Ubiquitin genes was viewed approximately at 239 bp in size and Hd3a genes was viewed approximately at 229 bp in size. The final results showed Hd3a expression levels at 08.00 o'clock was about 2-4 times higher than at 12.00 and 16.00 o'clock.

Kata Kunci : black rice, Hd3a gene, RT-PCR, electrophoresis, ImageJ