Deteksi Spesies Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp.) pada Tanaman Solanaceae dengan Teknik PCR

SITI HALIMAH, Dr. Ir.Siwi Indarti, M.P.; Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc.

2014 | Skripsi | ILMU HAMA & PENYAKIT TUMBUHAN

Nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) merupakan nematoda parasit tumbuhan utama pada tanaman famili Solanaceae. Lebih dari 90 spesies telah diidentifikasi secara morfologi. Deteksi secara morfologi membutuhkan keterampilan karena nematoda puru akar memiliki morfologi hampir sama dan variasi intraspesies sangat tinggi. Deteksi secara PCR merupakan salah satu teknik deteksi yang cepat dan akurat. Penelitian ini bertujuan menerapkan teknik PCR dalam deteksi spesies nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) pada berbagai tanaman inang dan mengetahui spesies-spesies nematoda puru akar yang berasosiasi dengan tanaman famili Solanaceae. Sampel akar bergejala puru diambil dari tanaman tomat, terong, cabai, tembakau, kentang, dan gulma ciplukan di wilayah Daerah Istimewa Yogyakarta, Wonosobo, Banjarnegara, Klaten, Magelang, dan Temanggung, Jawa Tengah. Identifikasi dilakukan dengan ekstraksi-isolasi nematoda puru akar, ekstraksi DNA nematoda puru akar dengan metode CTAB, PCR dengan primer MiF/MiR, Far/Rar/, dan Fjav/Rjav, serta elektroforesis hasil PCR. Hasil PCR secara multipleks menunjukkan bahwa pada semua sampel terdeteksi adanya nematoda Meloidogyne spp. yang teramplifikasi pada kisaran ukuran 550-800bp. Hasil PCR secara simpleks dengan primer MiF/MiR menunjukkan bahwa spesies nematoda puru akar yang berasosiasi dengan tanaman famili Solanaceae adalah M. incognita.

Root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) are the major plant parasite nematodes on Solanaceae. More than 90 species of root-knot nematode have been identified based on morphological character. This detection requires skill as root knot nematodes have morphological similarity between the species and high intraspecific variation. PCR detection provides fast method and can be more accurate. The aim of this research was to apply of PCR tehnique for species detection root-knot nematodes from several hosts and associated species of root-knot nematodes with Solanaceae plant family. Galls are collected from tomatoes, eggplant, chili, tobacco, potato, and weed in Daerah Istimewa Yogyakarta, Wonosobo, Banjarnegara, Klaten, Magelang, and Temanggung, Central Java. Root-knot nematode females are extracted and isolation from galls, DNA extracted was done by CTAB method and PCR process with MiF/MiR, Far/Rar/, dan Fjav/Rjav primers, and electrophoresis. Multiplex PCR results showed that in all samples detected the nematode Meloidogyne spp. are amplified by 550-800bp. Results of simplex PCR with primers MIF/MiR showed that root knot nematode species associated with the plant family Solanaceae is M. incognita.

Kata Kunci : Molecular detection, PCR, Meloidogyne spp., Solanaceae