KISARAN INANG DAN KARAKTERISASI PECTOBACTERIUM SP. YANG DIISOLASI DARI ANGGREK BERDASARKAN ANALISIS GEN 16S rRNA DAN BEBERAPA GEN HOUSEKEEPING

NUR KUSUMASTUTI, Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc.;Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr.Sc.

2014 | Skripsi | ILMU HAMA & PENYAKIT TUMBUHAN

Anggrek merupakan tanaman hias yang memiliki nilai ekonomi tinggi dan banyak dibudidayakan oleh petani maupun pengusaha tanaman hias. Produksi anggrek setiap tahun semakin menurun, salah satu faktor penyebab utamanya adalah penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh Pectobacterium sp. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui patogenisitas dan kisaran inang Pectobacterium sp. isolat anggrek pada beberapa famili tanaman termasuk Orchidiaceae dan untuk mengetahui spesies bakteri Pectobacterium sp. berdasarkan analisis gen 16S rRNA dan beberapa gen housekeeping (gyrB, mdh, gapA). Uji patogenisitas pada anggrek Phalaenopsis amabilis dan uji hipersensitif pada tembakau dilakukan dengan menginjeksikan 50 µl suspensi bakteri (100-108 CFU/ml), sedangkan pengujian kisaran inang dilakukan dengan menginjeksikan suspensi bakteri dengan kerapatan 108 CFU/ml sebanyak 50 µl. Identifikasi bakteri secara molekular dilakukan dengan analisis filogenetik sekuens bakteri berdasarkan gen 16S rRNA, gyrB, mdh dan gapA. Hasil pengujian patogenisitas pada anggrek P. amabilis menunjukkan bahwa bakteri mampu menyebabkan gejala mulai dari 107 CFU/ml yang ditandai dengan gejala busuk kuning kecokelatan pada daun. Pada pengujian hipersensitif menunjukkan bahwa bakteri mampu menyebabkan gejala HR (Hipersensitif reaction) mulai dari kerapatan 106CFU/ml yang ditandai dengan gejala nekrotik. Hasil pengujian kisaran inang pada anggrek dan tanaman hias menunjukkan gejala busuk lunak, kecuali pada Eria hyacinthoides dan Asplenium nidus. Pada famili Brassicae, Solanaceae, Curcubitaceae, Amaryllidaceae, Cactaceae, Araceae, Apiaceae, Arecaceae, Lauraceae, Caricaceae dan sebagian dari famili Rosaceae dan Araceae menunjukkan gejala busuk lunak, sedangkan famili Zingiberaceae, Fabaceae dan Cenopodiaceae tidak menunjukkan gejala busuk lunak. Pectobacterium sp. Pal3.4 tidak dapat dibedakan dengan kelompok Pectobacterium spp. yang lain berdasarkan sekuens gen 16S rRNA, tetapi memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dengan P. carotovorum subsp. brassiliensis berdasarkan sekuens gen gyrB, mdh dan gapA.

Orchid is an ornamental plant that has high economic value and widely cultivated by farmers and ornamental plants entrepreneurs. Production of the Orchid has declined every year, one of the main factor is soft rot disease caused by Pectobacterium sp. This study aims to determine pathogenicity and the host range of Pectobacterium sp. which was isolated from orchid to some families of plants, including orchidiaceae and to determine the species of Pectobacterium sp. based on gene analysis of 16S rRNA and several housekeeping genes (gyrB,mdh, gapA). The pathogenicity test on Phalaenopsis amabilis and the hypersensitivity test on tobacco were done by injecting 50 μl of bacterial suspension (100-108 CFU / ml), whereas the host range test was done by injecting bacterial suspension which has density of 108 CFU / ml about 50 μl. The molecular identification of bacteria was carried by phylogenetic analysis based on the bacterial gene sequences of 16S rRNA, gyrB, mdh and gapA. The pathogenicity test on P. amabilis showed that the symptom can be seen began from 107 CFU / ml which was characterized by yellow brown rot symptom on the surface of the leave. The hypersensitivity test showed that bacteria can cause symptom of HR (hypersensitive reaction) began from 106 CFU/ml which was characterized by nekrotic. The host range test on orchid and ornamental plants showed soft rot symptom, except on Asplenium nidus and Eria hyacinthoides.On Brassicae family, Solanaceae, Curcubitaceae, Amaryllidaceae, Cactaceae, Araceae, Apiaceae, Arecaceae, Lauraceae, Caricaceae and some of the Araceae and Rosaceae showed soft rot symptom, whereas on the Zingiberaceae, Fabaceae, and Cenopodiaceae did not show soft rot symptom. The Pectobacterium sp. Pal3.4 can not be distinguished to the other group of Pectobacterium spp. by gene sequence of 16S rRNA, but has genetical relationship with P. carotovorum subsp. brassiliensis based on gene sequences of gyrB, mdh and gapA.

Kata Kunci : kisaran inang, busuk lunak, Pectobacterium sp., 16S rRNA, gen housekeeping.