Deteksi Virus pada Bawang Merah di Kabupaten Nganjuk dengan PCR

APRILIA WAHYU UTAMI, Dr. Ir. Sri Sulandari, S.U.; Dr. Ir. Sedyo Hartono, M.P.

2014 | Skripsi | ILMU HAMA & PENYAKIT TUMBUHAN

Bawang merah merupakan sayuran umbi lapis yang memiliki nilai ekonomi tinggi, dan kebutuhannya meningkat 5% setiap tahun karena bawang merah tidak dapat disubstitusi dengan komoditas sayur lainnya. Kendala produksi bawang merah antara lain adanya penyakit yang disebabkan oleh virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kejadian penyakit yang diduga disebabkan virus pada bawang merah serta mengidentifikasi keragaman virus yang menyerang bawang merah di Kabupaten Nganjuk. Pengambilan sampel dilakukan secara purposive sampling. Kultivar yang diamati yaitu Thailand, Mentes dan Katumi. Sampel yang diambil dari lapangan kemudian dideteksi dengan PCR menggunakan primer universal Potyvirus, Carlavirus, Allexivirus dan primer spesifik Onion yellow dwarf virus (OYDV), Shallot yellow stripe virus (SYSV), Shallot latent virus (SLV) dan Shallot virus X (ShVX). Hasil pengamatan di lapangan menunjukkan kejadian penyakit dengan gejala mosaik ditemukan pada kultivar Thailand 6%, Mentes 15%, Katumi 10% sedangkan gejala kerdil pada kultivar Thailand 8%, Mentes 17%, Katumi 25%. Hasil deteksi dengan PCR gejala kerdil pada kultivar Thailand dan Katumi menggunakan primer universal terampkifikasi 715 bp pita DNA Carlavirus sedangkan dengan primer spesifik teramplifikasi 749 bp pita DNA SYSV dan 601 bp pita DNA OYDV. SYSV dan OYDV merupakan anggota Potyvirus. Gejala mosaik pada kultivar Katumi menggunakan primer universal teramplifikasi 800 bp pita DNA Potyvirus dan 715 bp pita DNA Carlavirus, sedangkan menggunakan primer spesifik teramplifikasi 749 bp pita DNA SYSV. Gejala mosaic pada kultivar Thailand dan Mentes dan gejala kerdil pada kultivar Mentes tidak terdeteksi adanya virus. Pada kultivar Katumi terjadi infeksi campuran antara SYSV dengan OYDV.

Shallot is one of the bulb vegetables with high economic value and the demand increases 5% per year due to shallot cannot be subtituted by other vegetables. There are some virus diseases as a main constraint of shallot production. This study aims to analyze incidence of the disease that caused by shallot viruses, and to identify characteristics of the viruses which have attacked shallot in Nganjuk regency. The research was conducted using purposive sampling. Three shallot cultivars, Thailand, Mentes, and Katumi were observed. Samples those were taken from the field detected by PCR used universal primers such as Potyvirus, Carlavirus, Allexivirus and also specific primers such as Onion Yellow Dwarf Virus (OYDV), Shallot Yellow Stripe Virus (SYSV), Shallot Latent Virus (SLV), and Shallot Virus X (ShVX). Disease incidence from field observation showed that the mosaic symptom in Thailand cultivar was 6%, Mentes was 15%, Katumi was 10%, whereas stunt symptom in Thailand cultivar was 8%, Mentes was 17%, Katumi was 25 %. By PCR detection showed that stunt symptom on Thailand and Katumi could be amplified 715 bp DNA band of Carlavirus, while using specific primers amplified 749 bp DNA band of SYSV with 749 bp and 601 bp DNA band of OYDV . Both of SYDV and OYDV are the members of Potyvirus. Mosaic symptoms on Katumi cultivars using universal primers could be amplified 800 bp DNA band of Potyvirus and 715 bp of Carlavirus, while using specific primers could be amplified 749 bp DNA band of SYSV. The mosaic symptoms of Thailand and Mentes cultivars and also on the stunt symptoms of Mentes could not be detected the virus. There are showed mixed infection between SYSV and OYDV on Katumi cultivars.

Kata Kunci : bawang merah, mosaik, kerdil, PCR