Penggunaan Teknik T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Lenght Polymorphism) Untuk Deteksi Keragaman Bakteri Pada Ginjal Lele Dumbo (Clarias sp.)

WAHYU PUJI ASTIYANI, Dr. Ir Triyanto, M.Si; Dr. Jaka Widada, S.P, M.P

2014 | Skripsi | BUDIDAYA PERIKANAN

Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan keragaman genetik bakteri yang berasal dari ginjal lele dumbo sakit dan lele dumbo sehat. Gen 16S rRNA diamplifikasi menggunakan primer universal 27F-FAM (berlabel fluorescent) dan 1429R. Produk PCR yang diperoleh kemudian dipotong menggunakan enzim retriksi MspI. Pembacaan fragmen yang terbentuk dilakukan dengan sekuenser otomatis dan hasil T-RFLPdisajikan dalam bentuk elektroforegram yang memperlihatkan grafik ukuran fragmen 5� yang berlabel fluorescent. TRF yang dihasilkan kemudian dicocokan dengan bank data yang dibuat oleh peneliti berdasarkan sekuens dari NCBI selanjutnya dipotong dengan enzim MspI secara in silico. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman bakteri yang ditemukan dengan kemelimpahan pada lele dumbo sakit secara berturut-turut adalah Aeromonas sp. (18,77%) Bacillus sp.(4,18%), Flavobacterium sp (0,62%)., Lactobacillus sp. (2,05), Pseudomonas sp.(0,29), Streptomyces sp. (1,22%), Uncultured bacterium (3,02%), dengan nilai kemelimpahan tertinggi yaitu Aeromonas sp (18,77%), sedangkan pada lele dumbo sehat keragaman bakteri yang ditemukan secara berturut-turut adalah Aeromonas sp (0,02%) , Bacillus sp.(4,15%), Lactobacillus sp.(6,61%), Pseudomonas sp. (1,24%), Streptomyces sp.(0,14%), Uncultured bacterium sp.(2,82%), dengan kemelimpahan tertinggi pada sampel tersebut yaitu Lactobacillus sp. (6,61%). Spesies Aeromonas sp. yang dominan pada lele dumbo sakit yaitu A. hydrophila dan A. veronii sehingga besar kemungkinan sampel lele dumbo sakit terinfeksi MAS (Motile Aeromonas Septicemia), sedangkan pada lele dumbo sehat Lactobacillus mampu menekan pertumbuhan bakteri patogen. Hasil ini menunjukkan bahwa kemelimpahan dan dominasi komunitas bakteri pada ginjal lele dumbo sakit dan lele dumbo sehat berbeda yang tampaknya berperan penting dalam kejadian penyakit pada lele dumbo.

The purpose of this research was to compare the genetic diversity of bacteria from diseased kidneys of Clarias sp and Clarias sp healthy. 16S rRNA gene was amplified using universal primers 27F-FAM (fluorescent labeled) and 1429R. PCR products were then cut using a restriction enzyme MspI. Readings fragments formed done with an automatic sequencer and the results in the form of T-RFLP presented electropherogram chart that shows the size of the fragment 5 'labeled fluorescent. TRF is then matched with the data bank created by the researcher based on sequences from the NCBI subsequently cut with MspI enzymes by in silico. The results showed that the diversity of bacteria found in abundance in the Clarias sp. pain respectively were Aeromonas sp. (18.77%) of Bacillus sp. (4.18%), Flavobacterium sp (0.62%)., Lactobacillus sp. (2.05), Pseudomonas sp. (0.29), Streptomyces sp. (1.22%), Uncultured bacterium (3.02%), with the highest abundance values Aeromonas sp (18.77%), whereas in healthy Clarias sp. diversity of bacteria found in a row is Aeromonas sp (0.02 %), Bacillus sp. (4.15%), Lactobacillus sp. (6.61%), Pseudomonas sp. (1.24%), Streptomyces sp. (0.14%), Uncultured bacterium sp. (2.82%), with the highest abundance in the sample is Lactobacillus sp. (6.61%). Species Aeromonas sp. dominant in the Clarias sp. pain is A. hydrophila and A. veronii that it is probable sample of Clarias sp. infected sore MAS (Motile Aeromonas Septicemia), whereas in healthy Clarias sp., Lactobacillus able to suppress the growth of pathogenic bacteria. These results indicate that the abundance and dominance of bacterial communities in the Clarias sp. kidney pain healthy and different Clarias sp. appear to be important in disease incidence in Clarias sp.

Kata Kunci : abundance, bacterial diversity, Clarias sp., MspI, T-RFLP