ANALISIS GENOTIPIK INDIVIDU BC1F1 DALAM PEMBENTUKAN POPULASI PADI (Oryza sativa L.) CSSLs (CHROMOSOMES SEGMENT SUBTITUTION LINES) BERBASIS CIHERANG DENGAN DONOR GALUR TIPE BARU

MUHAMMAD HABIB WIDYAWAN, Dr. Panjisakti Basunanda, S.P., M.P.;Dr. Wening Enggarini, S.Si, M.Si.

2014 | Skripsi | PEMULIAAN TANAMAN

Panel CSSL merupakan salah satu sarana untuk pemetaan gen sekaligus perbaikan kultivar elit. Dalam pembentukan panel CSSL ini Ciherang berperan sebagai tetua penerima dan galur padi tipe baru dengan potensi hasil tinggi B11143D sebagai tetua donor. Kegiatan yang dilakukan dalam pembentukan populasi CSSL di generasi BC1F1 adalah menentukan genotipe setiap individu pada 12 kromosom menggunakan 57 penanda mikrosatelit. Sebanyak 40 individu BC1F1 ditanam dan ditentukan genotipenya. Berdasarkan data genotipe 40 individu BC1F1 kemudian dipilih individu-individu yang akan disilang balik dengan Ciherang. Berdasarkan ukuran panjang peta tautan pada satu kromosom, dipilih satu atau dua individu untuk tiap kromosom target. Individu terpilih adalah individu yang memiliki genotipe heterozigot pada keseluruhan bagian kromosom target. Sebanyak 19 individu terpilih untuk disilang balik dengan Ciherang. Analisis Penanda Tunggal (single marker analysis) dan Pemetaan Selang Biasa (simple interval mapping) dilakukan untuk mengetahui asosiasi penanda dengan karakter morfologi dan memetakan Quantitative Trait Loci (QTL) di populasi ini. Berdasarkan analisis dan pemetaan terdapat penanda yang berasosiasi dengan gen atau QTL terkait karakter komponen hasil yang teridentifikasi di populasi ini. Penanda yang berasosiasi dengan karakter komponen hasil terdapat pada kromosom 2,4,8, dan 12.

In order to fulfill rice demand, an elite cultivar improvement for yield potential is needed. One method for improving elite cultivar is by developing Chromosomes Segment Subtitution Lines (CSSLs) panel. CSSLs panel described as group of individuals that have similar genetic composition with their recurrent parent except a chromosomes segment introgressed from its donor parent. Ciherang, Indonesian elite rice cultivar used as recurrent parent and B11143D, New Plant Type (NPT) line with high yield potential acted as donor parent. In this research 40 BC1F1 individuals genotyped on 57 microsatellite locus distributed over 12 chromosomes of rice. Based on genotype data, selection was conducted for individuals with heterozygote genotype for all microsatellite locus in each target chromosome. Sixteen selected plant was backcrossed again with Ciherangto create BC2F1 population. QTL analysis was conducted with Single Marker Analysis (SMA) and Simple Interval Mapping (SIM) to detect marker and trait association related to yield potential in this population. Analysis result showed that there are several marker in chromosome 2,4,8, and 12 associated with gene and QTL related to yield potential.

Kata Kunci : Panel CSSL, Karakter Komponen Hasil, Ciherang, Padi Tipe Baru.