IDENTIFIKASI DAN PENGEMBANGAN PENANDA MOLEKULAR SEQUENCE CHARACTERIZED AMPLIFIED REGION TERPAUT GEN KETAHANAN TERHADAP BEGOMOVIRUS PADA MELON (Cucumis melo L.)

YASIR SIDIQ, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc.

2014 | Tesis | S2 Biologi

Tanaman melon (Cucumis melo L.) bersifat rentan terhadap infeksi penyakit. Salah satu penyakit yang paling banyak menginfeksi tanaman saat ini adalah Begomovirus. Infeksi Begomovirus menyebabkan tanaman menjadi klorosis, keriting, dan kerdil sehingga terjadi kerugian besar bagi petani. Hasil penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa kultivar Melodi Gama 3 (MG3) menjadi salah satu kultivar yang toleran terhadap infeksi Begomovirus. Penelitian ini berupaya untuk mengembangkan penanda molekular Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) dari Random Amplified Polymophhisme DNA (RAPD) terpaut gen ketahanan melon terhadap Begomovirus melalui metode DNA sequencing dan Polymerase Chain Reaction (PCR). Selain itu deteksi partikel DNA Begomovirus pada melon kultivar MG3 juga telah dilakukan dengan amplifikasi menggunakan primer Coat Protein (CP) gen. Hasil menunjukkan bahwa penanda molekular SCAR terpaut gen ketahanan tanaman melon terhadap Begomovirus dapat dikembangkan dari penanda RAPD. Hasil lebih lanjut menunjukkan bahwa Squash leaf curl Philippines virus adalah salah satu strain Begomovirus yang menginfeksi melon MG3. Sedangkan uji chi-square menunjukkan bahwa hasil observasi sesuai harapan pada taraf uji rendah (0,01), oleh karena itu perlu adanya aplikasi penanda SCAR pada populasi yang lebih besar agar mampu mengetahui pola pewarisan sifat ketahanan melon kultivar MG3 terhadap Begomovirus. Hasil akhir dari penelitian ini menyimpulkan bahwa sifat ketahanan kultivar MG3 diduga dikendalikan oleh dua macam gen independen.

Melon (Cucumis melo L.) is one of susceptible horticulture to disease infections, including viral infections and the most harmful viruses nowadays is Begomovirus. Begomovirus infection causes plants become chlorotic, curly, and stunted. It causes huge economic losses for farmers. Cultivar Melodi Gama 3 (MG3) becames candidate resistance crops for Begomovirus’s infections. Development of Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) from Random Amplified Polymophisme DNA (RAPD) was done in this research by DNA sequencing and Polymerase Chain Reaction (PCR) methods. In addition, detection DNA particles of Begomovirus on melon cultivar MG3 has been carried out using Coat Protein (CP) gene primers. The results showed that the SCAR markers linkage to resistance gene of melon against Begomovirus successfully developed from RAPD. Further results showed Squash leaf curl Philippines virus is one of the Begomovirus strain infected melon MG3. Whereas chi-square test determined that the observed data appropriated for the expectations data at a low level test (0.01), hence application of SCAR markers on a larger population is needed to determine the inheritance pattern of resistance characteristic of cultivar MG3 against Begomovirus infection. The final results of this study concluded that the resistance character of cultivar MG3 expectedly controlled two types of independent genes.

Kata Kunci : Begomovirus, Melon Kultivar MG3, RAPD, SCAR