KERAGAMAN GENETIK BANTENG (Bos javanicus d’Alton, 1823) DI TAMAN NASIONAL MERU BETIRI DAN ALAS PURWO BERDASARKAN SEKUEN D-LOOP DNA MITOKONDRIA

Adi Nugroho, Dr. Sena Adi Subrata, S.Hut.,M.Sc.

2014 | Tesis | S2 Ilmu Kehutanan

yang hidup di Pulau Jawa termasuk di Taman Nasional Meru Betiri (TNMB) dan Taman Nasional Alas Purwo (TNAP). Dua kawasan tersebut pada awalnya merupakan hutan yang saling tersambung namun kini terfragmentasi. Populasi Banteng yang terfragmentasi diduga akan mengakibatkan adanya perbedaan genetik. Hingga kini masih terdapat perdebatan mengenai hubungan kekerabatan Banteng Jawa dengan Banteng Kalimantan dan Banteng Asia. Informasi mengenai keragaman genetik dan hubungan kekerabatan Banteng akan membantu manajemen konservasi satwa liar tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui keragaman genetik Banteng dan hubungan kekerabatan Banteng berdasarkan analisis sekuen D-loop DNA mitokondria. Metode non-invasive sampling digunakan untuk memperoleh materi genetik dari Banteng liar yang ada di TNMB dan TNAP. Sampel non-invasive berupa feses Banteng diekstrak dengan menggunakan protokol dari QIAamp DNA Stool mini Kit yang telah dimodifikasi. Amplifikasi fragmen D-loop DNA mitokodria dilakukan menggunakan primer forward dengan sekuen ’TCACCGTCAACTCCCAAAGCTGA-3’ dan primer reverse dengan sekuen 5’- AGGGGGAAGTTTTATGGAAGGGGG-3’. Amplicon kemudian dirunutkan dan dianalisis sekuennya dengan menggunakan software MEGA 6. Hasil analisis menunjukkan adanya 2 haplotype dari 9 sampel feses Banteng. 2 Sampel Banteng TNMB terdiri dari haplotype A dan haplotype B, 7 sampel Banteng dari TNAP semuanya merupakan haplotype A. Perbedaan haplotype A dan haoplotype B adalah adanya Indels sepanjang 44 pasang basa. Keragaman genetik yang rendah ini kemungkinan terjadi karena kedua populasi belum terlalu lama terpisah atau keduanya berasal dari induk betina yang sama. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa Banteng Jawa memiliki hubungan kekerabatan yang lebih dekat dengan Banteng Asia daripada dengan Banteng Kalimantan. Kata kunci: banteng, keragaman genetik, DNA mitokondria, non-invasive sample

We report the first genetic analysis on free-ranging Banteng (Bos javanicus d’Alton 1823) in Meru Betiri National Park (MBNP) and Alas Purwo National Park (APNP). Banteng is considered endangered and the major threats to this large mammal spesies are hunting and habitat loss. The genetic diversity of Banteng in two adjacent national parks and its relationship with Bornean Banteng and Asian mainland Banteng remain unclear. The study aims at determining the level of genetic diversity of Banteng within and between populations of MBNP and APNP and describing phylogenetic relationship of Java, Bornean and Asian mainland Banteng. Non-invasive samples (i.e. Banteng faecal) were collected opportunistically in the two national parks. DNA was extracted following modified protocol from QIAamp DNA Stool mini Kit and the amplification used spesies-specific primer. PCR products were sequenced and the sequences obtained were analyzed with MEGA 6. We detected 2 haplotypes from 9 DNA samples. Haplotype A were detected in both populations but haplotype B only found in MBNP population. The difference between haplotype A and hapotype B is an indels 44 bp long. The presence of this low genetic diversity suggests that the populations were fragmented recently or the Banteng populations are possibly descended from the same ancestor. Phylogenetic analysis showed that despite geographic range, Java Banteng has closer relationship to Asian mainland Banteng rather than Bornean Banteng. Keywords: banteng, genetic diversity, mitochondrial DNA, non-invasive sample

Kata Kunci : banteng, keragaman genetik, DNA mitokondria, non-invasive sample