PENGEMBANGAN METODE LOOP-MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION OF DNA UNTUK DETEKSI Megalocytivirus TERHADAP GEN MAJOR CAPSID PROTEIN PADA KERAPU

Sumino, Dr. Ir. Murwantoko, M.Si

2014 | Tesis | S2 Bioteknologi

Ikan kerapu merupakan salah satu komoditas perikanan yang banyak dibudidayakan di Indonesia, karena mempunyai nilai ekonomis yang tinggi dan banyak di ekspor ke berbagai negara. Kendala dalam budidaya ikan kerapu yaitu serangan berbagai penyakit, salah satunya disebabkan oleh Megalocytivirus yang menyebabkan banyak kerugian. Salah satu upaya untuk mengatasi kerugian akibat serangan Megalocytivirus, adalah dengan deteksi dini adanya infeksi virus tersebut, sehingga diperlukan pengembangan metode deteksi yang mempunyai sensitifitas dan spesifitas tinggi serta membutuhkan waktu yang cepat, alat sederhana, mudah diaplikasikan dan biaya yang murah. Metode Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) of DNA dikembangkan untuk deteksi Megalocytivirus isolat Indonesia dengan amplifikasi target gen major capsid protein (MCP) pada kondisi isothermal dengan memanfaatkan aktivitas strand displacement oleh enzim DNA polymerase. Optimasi kondisi reaksi LAMP dilakukan dengan variasi suhu reaksi serta konsentrasi betain. Hasil optimasi digunakan untuk uji spesifitas, sensitifitas dan uji sampel lapangan. Sampel ikan kerapu dikumpulkan dari Batam, Lampung, Jepara dan Bali. Sensitifitas hasil uji LAMP dibandingkan dengan hasil uji Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil uji sampel lapangan dikonfirmasi dengan metode PCR dan uji histopatologi. Hasil penelitian menunjukkan kondisi optimum reaksi LAMP untuk deteksi Megalocytivirus isolat Indonesia pada target gen MCP adalah pada suhu 62,50 C dengan konsentrasi betain 1 M. Metode LAMP sangat spesifik serta mempunyai sensitifitas sepuluh kali lebih tinggi dibandingkan dengan PCR dalam mendeteksi Megalocytivirus isolat Indonesia. Metode LAMP dapat digunakan untuk deteksi Megalocytivirus dari sampel lapangan. Hasil uji sampel ikan kerapu yang berasal dari Batam, Lampung, Jepara dan Bali dengan metode PCR dan LAMP memberikan hasil yang sama. Sebanyak 8 sampel terdeteksi positif Megalocytivirus dari 22 sampel yang diperiksa, meskipun hasil uji histopatologi tidak menunjukkan gejala menciri dari infeksi Megalocytivirus.

Grouper fish is one of the most cultivated fishery commodity in Indonesia due to its high economical value. Infectious disease caused by Megalocytivirus is one of the bottle neck in aquaculture. Thus, quick, simple and cheap viral detection method is necessary. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) of DNA is developed to detect Megalocytivirus isolate of Indonesia with Major Capsid Protein (MCP) gene as the target amplification using strand displacement of activity at isothermal condition of DNA polymerase. The optimization condition of LAMP reaction includes temperature and betain concentration. The optimization studied were applied for specificity, sensitivity, and sample tests. Grouper fish samples were collected from Batam, Lampung, Jepara, and Bali. Sensitivity result of LAMP was compared with PCR method. The samples were also being tested using PCR and histopathology to confirm the result. The results of the study showed that the optimum condition for LAMP reaction of Megalocytivirus isolate of Indonesia is on 62,50 C and betain concentration of 1 M. LAMP is highly specific and its sensitivity is ten times higher than PCR on detecting Megalocytivirus samples. Detection of Megalocytivirus on grouper fishes collected from Batam, Lampung, Jepara, and Bali using PCR and LAMP provided similar results. Among 22 samples tested, 8 were positive for Megalocytivirus although based on histopahology examination, the samples did not show any pathognomonic of Megalocytivirus infection.

Kata Kunci : LAMP, Megalocytivirus, Kerapu, MCP