KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI Cytochrome c Oxidase Sub-unit 3 (COX3) PADA Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus DAN Tarsius spectrum

ADI PARAMARTA, Dr. drh. Rini Widayanti, M.P.

2014 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Tarsius merupakan salah satu primata endemik Indonesia yang terancam punah. Morfologi antar spesies Tarsius yang hampir sama menjadi kendala dalam identifikasi. Informasi mengenai karakteristik tiap spesies diharapkan dapat membantu dalam penangkaran secara in situ maupun ex situ. Salah satu usaha yang dilakukan untuk membedakan spesies Tarsius sehingga diketahui asalnya yaitu dengan eksplorasi tingkat molekular. Tujuan utama dari penelitian ini adalah untuk mengkaji keragaman genetik gen penyandi Cytochrome c oxidase subunit 3 (COX3) pada Tarsius bancanus bancanus, Tarsius bancanus borneanus dan Tarsius spectrum. Sampel DNA diisolasi dari jaringan otot Tarsius bancanus bancanus, Tarsius bancanus borneanus dan Tarsius spectrum. Amplifikasi segmen gen COX3 dengan metode PCR menggunakan primer COX3 F dan COX3 R untuk Tarsius bancanus bancanus dan Tarsius bancanus borneanus menghasilkan produk sepanjang 952 bp. Amplifikasi segmen gen COX3 Tarsius spectrum menggunakan primer COX3 bF dan COX3 bR, menghasilkan produk sepanjang 1069 bp. Hasil reaksi PCR kemudian dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing gen COX3 selanjutnya dianalisis menggunakan program MEGA versi 5.1. Hasil analisis didapatkan 148 situs nukleotida dan 38 situs asam amino yang berbeda, serta tiga situs nukleotida dan dua asam amino yang mengalami delesi. Rata-rata jarak genetik berdasar sekuen nukleotida gen COX3 yang dianalisis menggunakan Kimura 2-parameter adalah 9,7%. Konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbour Joining tidak dapat membedakan antara Tarsius bancanus bancanus (asal Sumatra), Tarsius bancanus borneanus (asal Kalimantan) dan Tarsius spectrum (asal Sulawesi Utara).

Tarsius is one of Indonesia’s endemic primate which are endangered. Morphological among the species almost be same that become constrains to identification. Information about these different characteristics each species is expected to captivity. Molecular exploration is one of the efforts to differentiate of species Tarsius. The main objective of this research is to analyze the genetic diversity of Cytochrome c oxidase subunit 3 (COX3) encoding gene of Tarsius bancanus bancanus, Tarsius bancanus borneanus and Tarsius spectrum. The DNA samples isolated from muscle of Tarsius bancanus bancanus, Tarsius bancanus borneanus dan Tarsius spectrum. Amplification segment of COX3 gene by PCR technique used primer COX3 F and COX3 R for Tarsius bancanus bancanus and Tarsius bancanus borneanus produced 952 bp length of DNA segment. Amplification segment of COX3 gene for Tarsius spectrum using primer COX3 bF and COX3 bR produced 1069 bp length of DNA segment. The result of PCR reaction followed by sequencing. The result of COX3 gene sequences then would be analized using MEGA version 5.1 program. Result of analyze showed 148 sites of different nucleotide, 38 sites of different amino acid and three sites of nuclotide and two sites of amino acid occurs deletion. Average of genetic distances based on nucleotide sequence of COX3 genes analyzed using Kimura 2-parameter found the value of 9,7%. Construction of phylogenetic tress used Neighbor-Joining method unable to distinguish between Tarsius bancanus bancanus (from Sumatra), Tarsius bancanus borneanus (from Kalimantan) and Tarsius spectrum (from North Sulawesi).

Kata Kunci : Tarsius sp., gen COX3, nukleotida