DETEKSI DAN PENENTUAN TIPE BERDASARKAN AMPLIFIKASI DAN SEKUENSING GEN PENYANDI VIRALPROTEIN-2CANINE PARVO VIRUS PADA ANJING SUSPECT CPV

wahyu peni wijayasti, Dr. drh. Aris Haryanto, M.Si.

2014 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Canine parvovirus merupakan penyebab enteritis hemoragi dan miokarditis pada anjing. Virus ini merupakan agen penyakit patogen enterik anjing di seluruh dunia dengan morbiditas yang tinggi (100 %) dan mortalitas mencapai 10 %. Sifat infeksi Canine Parvovirus yang sangat cepat dan mudah menular antar anjing yang rentan membuat diagnosa cepat sangatlah diperlukan untuk mengontrol penyakit dan menentukan ketepatan terapi penyakit. Diagnosa CPV berdasarkan diagnosa tentatif seperti anamnesa, prognosa dan pemeriksaan gejala klinis. Namun,hal ini menjadi sulit karena gejala klinis utama yaitu gastroenteritis merupakan gejala klinis yang umum dimiliki oleh penyakit enterik lainnya. Oleh karena itu, diperlukan suatu pengujian untuk mendeteksi CPV secara akurat, cepat, tepat dan sensitif. Penelitian ini bertujuan melakukan deteksi dan penentuan tipe CPV menggunakan teknik PCR dan sekuensing pada gen penyandi protein VP2 virus CPV pada anjing suspect CPV. Koleksi darah suspect CPV sebanyak 13 sampel diperoleh dari Rumah Sakit Hewan Prof. Soeparwi, Laboratorium Ilmu Penyakit Dalam (IPD) FKH UGM, dan Klinik Hewan Satwa Kita, Yogyakarta. Darah diekstraksi untuk mendapatkan DNA CPV, DNA tersebut digunakan sebagai template untuk amplifikasi dengan PCR menggunakan primer pada target gen penyandi protein VP2. Produk hasil PCR kemudian divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarose 1% pada UV Transilluminator. Hasil positif ditunjukkan dengan munculnya fragmen DNA sebesar 518 bp yang dapat diinterpretasikan sebagai CPV. Produk PCR selanjutnya disekuensing untuk mengetahui urutan basa nukleotidanya. Hasil sekuensing kemudian di- alignment dengan gen penyandi protein VP2 Canine Parvovirus yang berasal dari data base Genbank menggunakan program MEGAversi 5. Dari 13 sampel darah anjing dinyatakan 11 sampel positif CPV dengan tipe CPV 2a.Metode PCR konvensional dapat digunakan dalam mendeteksi virus CPV pada sampel yang berasal dari spesimen darah yang berasal dari pasien anjing suspect CPVdan sekuensing untuk menentukan filogenetik dan tipe CPV.

Canine parvovirus is a cause of hemorrhagic enteritis and myocarditis in dogs. This virus is a pathogenic enteric disease of dogs around the world with high morbidity ( 100 % ) and mortality up to 10 %. Canine parvovirus infection occurs very quickly and easily transmitted between dogs. Therefore a quick diagnosis is necessary to control the disease and to determine the accuracy of disease therapy. CPV diagnosis is based on a tentative diagnosis, prognosis and clinical examination. However, it has become difficult to diagnose because the main clinical symptoms of gastroenteritis is similar to clinical symptoms owned by other enteric diseases. Therefore, we need a test to detect CPV accurately and rapidly. This study is aimed to perform the detection of the types of CPV using diagnostic methods through amplification techniques on virus VP2 protein-coding genes in dogs suspected of CPV lined Polymerase Chain Reaction ( PCR ). Collection of blood samples suspected of CPV as many as 13 samples were obtained from Animal HospitalProf. Soeparwi, Laboratorium Ilmu Penyakit Dalam FKH UGMand Klinik Hewan Satwa Kita, Yogyakarta. Extraction is done to get the CPV viral DNA. The results of the extraction are used as a template for amplification by PCR using primers to the target protein-coding genes VP2. Products produced by PCR are then visualized by electrophoresis on a 1% agarose gel UV Transilluminator. A positive result is indicated by the appearance of a DNA fragment of 518 bp which can be interpreted as CPV. PCR products were subsequently sequenced to determine the sequence of the nucleotide bases. Sequencing results then undergoes alignment with protein-coding genes of Canine Parvovirus VP2 derived from Genbank data base using the program MEGA versi 5. Of the 13 blood samples it is confirmed that 11 are positive samples with CPV. The type of CPV is type 2a. Conventional PCR methods can be used in detecting CPV virus in samples derived from blood specimens from patients suspected of CPV dog.

Kata Kunci : Canine Parvovirus,gen VP2, PCR, sekuensing.