EKSPRESI TEMPORAL GEN Ehd1 PADA PADI HITAM (Oryza sativa L. “CEMPO IRENG”)

ANISA NAZERA FAUZIA, Dr. Yekti Asih Purwestri, M.Si.

2014 | Skripsi | BIOLOGI

Padi Hitam (Oryza sativa L.) kultivar Cempo Ireng merupakan salah satu kultivar padi lokal Yogyakarta. Padi ini memiliki kandungan antosianin dan zat besi yang tinggi tetapi memiliki masa panen yang lama. Masa panen sangat terkait dengan waktu pembungaan. Ehd1 adalah salah satu gen yang terlibat dalam induksi pembungaan. Gen tersebut memacu terekspresinya gen Hd3a dan RFT1 yang merupakan gen kunci pembungaan. Terekspresinya gen Ehd1 merupakan indikator awal terjadinya pembungaan. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui ekspresi temporal gen Ehd1 pada padi hitam kultivar Cempo Ireng. Metode yang dilakukan, pertama adalah penanaman padi Cempo Ireng di rumah kaca Fakultas Pertanian UGM dengan media tanam berupa tanah sawah dan pupuk kandang (3:1). Selanjutnya isolasi RNA pada daun padi dilakukan pada 80, 91, 100, 109, dan 120 HST (Hari Setelah Tanam) menggunakan reagen TRIzol dan RNeasy Plant Mini Kit. Hasil isolasi dilihat secara kualitatif dan kuantitatif. Setelah itu dilakukan sintesis cDNA, amplifikasi gen ubiquitin dan OsGF14 sebagai kontrol internal, dan amplifikasi gen Ehd1 menggunakan primer yang spesifik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa padi Cempo Ireng memasuki masa reproduktif (heading) pada 118 HST. Hasil isolasi secara kualitatif dan kuantitatif menunjukkan bahwa isolasi menggunakan reagen TRIzol menghasilkan RNA dengan ratio rendah tetapi konsentrasi tinggi. Sedangkan isolasi dengan RNeasy Plant Mini Kit menghasilkan RNA dengan ratio tinggi tetapi konsentrasi rendah. Hasil amplifikasi gen ubiquitin dan OsGF14 menunjukkan bahwa kedua gen tersebut dapat teramplifikasi pada seluruh sampel daun dengan umur tanaman berbeda. Gen Ehd1 teramplifikasi pada 100 HST dan 109 HST. Ekspresi temporal gen Ehd1 terjadi sebelum padi berbunga (heading), yaitu pada saat masa transisi dari vegetatif ke reproduktif.

Black rice (Oryza sativa L.) cultivars Cempo Ireng is one of the original local rice in Yogyakarta. This rice contains anthocyanin and iron but has a long harvest period. The harvest is closely related with flowering time. Ehd1 is one of the genes involved in the induction of flowering. The gene promotes flowering through the upstream gene of Hd3a dan RFT1. Hd3a and RFT1 are the key gene of flowering genes. The expression of Ehd1 gene is an early indicator of flowering. The objective of this research was to determine the temporal expression of Ehd1 in Cempo Ireng rice cultivar. The first method was planting Cempo Ireng rice cultivar in greenhouse Faculty of Agriculture with cultivating media consist of paddy soil and manure (3:1). Then, RNA was isolated from leave blades at 80, 91, 100, 109, and 120 DAS (Days After Sowing) using TRIzol reagent and RNeasy Plant Mini Kit. RNA isolation results was evaluated qualitatively and quantitatively. One µg of RNA was used for cDNA synthesis using oligo-DT primers, ubiquitin and OsGF14 amplification was performed as internal control, and Ehd1 amplified using specific primers. The results showed that Cempo Ireng rice cultivar entering reproductive stage (heading date) at 118 DAS. The results of RNA isolation qualitatively and quantitatively showed that the yield of RNA isolation using TRIzol has a low ratio but high concentrations. While isolation with RNeasy Plant Mini Kit produced RNA with high ratio but low concentrations. The result of OsGF14 and ubiquitin amplification showed that both genes can be amplified in all samples at various DAS. Ehd1 genes was expressed at 100 and 109 DAS. Ehd1 expression occured before flowering (heading).

Kata Kunci : ekspresi gen, Ehd1, Oryza sativa L., Cempo Ireng