POLIMORFISME TETUA DAN VERIFIKASI F1 MENGGUNAKAN MIKROSATELIT DALAM PERAKITAN POPULASI CHROMOSOME SEGMENT SUBSTITUTION LINES PADI (Oryza sativa L.) BERBASIS ‘CIHERANG’

MARIANA SUSILOWATI, Dr. Panjisakti Basunanda, S.P., M.P.

2014 | Skripsi | PEMULIAAN TANAMAN

Salah satu cara yang masih memungkinkan dilakukan untuk meningkatkan hasil padi adalah peningkatan potensi hasil kultivar-kultivar unggul. Padi Tipe Baru (PTB) adalah ideotipe pemuliaan padi yang menjadi lanjutan dari generasi ‘Ciherang’ yang dicirikan dengan banyak anakan sedikit (8-10 batang) tetapi produktif semua. PTB diharapkan dapat menyumbang sifat bulir per malai yang tinggi untuk perbaikan sifat hasil pada ‘Ciherang’. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi polimorfisme pada marka mikrosatelit terhadap padi ‘Ciherang’ dan galur-galur donor Padi Tipe Baru. Selain itu juga untuk menyeleksi individu heterozigot pada populasi persilangan F1 berdasarkan penanda mikrosatelit sebagai langkah awal pembentukan populasi CSSL. Pembentukan populasi CSSL berbasis ‘Ciherang’ dengan donor PTB diharapkan mampu menambah keunggulan padi ‘Ciherang’; karena masuknya sifat-sifat unggul PTB. Pada penelitian ini tetua-tetua (‘Ciherang’ dan Padi Tipe Baru meliputi ‘Fatmawati’, B12743, dan B11143D) diamati secara morfologi dan secara molekuler, sedangkan keturunan F1-nya hanya diamati secara molekuler. Pengamatan morfologi yang dilakukan meliputi umur berbunga (20%, 50%, dan 80%, dihitung dalam hari setelah penyemaian), tinggi tanaman, lebar daun bendera, panjang daun bendera, luas daun bendera, banyak anakan produktif, panjang malai, banyak bulir per malai, dan bobot 1000 biji. Pengamatan molekuler menggunakan 513 marka SSR yang tersebar pada 12 kromosom Padi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa didapati perbedaan sifat komponen hasil antara kultivar ‘Ciherang’ dengan galur ‘B11143D’ berdasarkan pengamatan morfologi, sedangkan secara molekuler terdapat 156 marka-marka SSR polimorfik yang tersebar di 12 kromosom antara kultivar ‘Ciherang’ dan galur ‘B11143D’ yang memiliki rata-rata nilai ketercakupan sebesar 86,15%. Hasil verifikasi secara molekuler dengan marka mikrosatelit RM6909, RM405, dan RM20582-Xa7 menunjukkan 26 dari 27 tanaman F1 lulus uji sebagai individu heterozigot.

One way to improve rice production, the most important cash crop in Indonesia, is increasing the potential of superior cultivars. New plant type (NPT) rice, introduced by IRRI, is an ideotipe which is characterized by medium tiller number (8-10 tillers) but all are productive. This characteristic is now being introduced to ‘Ciherang’, one of the most popular cultivar in Indonesia, and is expected to raise spikelet number per panicle. The grand strategy chosen is by developing Chomosome-segment Subtitution Lines (CSSL) population, based on 'Ciherang' with NTR donors, namely 'Fatmawati', B12743, and B11143D. As a preliminary work, this study aimed to select the polymorphic microsatellite markers based on 'Ciherang' and the NTR donors. The selected markers then were used to verify F1 individuals, whether the hybrids were true heterozygots. All the parental materials were observed morphologically and genotyped. Observation was conducted on flowering time (20 %, 50 %, and 80 %, calculated in days after sowing), plant height, flag leaf width, flag leaf length, flag leaf area, tiller number, productive tiller number, panicle length, spikelet number per panicle, and 1000 grain weight. Survey on polymorphism was conducted on 513 microsatellite markers, selected for their equal distribution among rice 12 chromosomes. The result showed that the morphological differences found between cultivars yield components 'Ciherang' with lines B11143D are on flowering time, plant height, flag leaf length, flag leaf area, tiller number, productive tiller number, panicle length, spikelet number per panicle, and 1000 grain weight. This study found 155 polymorphic microsatellite markers, spread over 12 chromosomes among cultivars 'Ciherang' and lines 'B11143D' which cover 86,15% of the chromosomes in average. Based on molecular verification, based on RM6909, RM405 and RM20582-Xa7 markers, we verified that 26 of 27 F1 plants tested were heterozygous.

Kata Kunci : CSSL, ‘Ciherang’, PTB, polimorfik, heterozigot.