POLIMORFISME TETUA DAN VERIFIKASI HASIL PERSILANGAN PADI (Oryza sativa L.) ‘CODE’ DENGAN DUA GALUR ISOGENIK ‘IR 64’ MENGGUNAKAN MIKROSATELIT

HADIANTI DELIANA R, Dr. Panjisalti Basunanda, S.P.,M.P.

2014 | Skripsi | PEMULIAAN TANAMAN

Seleksi berbantu penanda molekuler (MAS) lebih akurat daripada teknik seleksi konvensional karena hanya individu yang memiliki lokus dan gen sasaran yang dipilih. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sebaran polimorfisme tetua dan posisi segmen donor pada seluruh genom tetua serta memverifikasi F1 yang terkait dengan lokus sifat kuantitatif (QTL) untuk banyak gabah per malai pada kromosom 4 (qTSN4), umur berbunga genjah pada kromosom 8 (qDTH8) dan Xa7 pada kromosom 6. Penelitian ini dilakukan di Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian pada bulan Februari sampai dengan September 2013. Tiga genotipe padi 'Code', IR64-NILs-qTSN4[YP9] dan IR64-NILs-qDTH8[YP1] beserta tetua pemulihnya ‘IR 64’ dianalisis polimorfismenya menggunakan 412 penanda mikrosatelit dan 1 STS penanda, M5. Dua galur isogenik menyerupai 'IR 64' (IR64-NILs) digunakan sebagai tetua donor untuk memperbaiki 'Code' agar potensi hasil lebih tinggi, umur genjah serta tahan terhadap hawar daun bakteri. Hasil penelitian menunjukkan rendahnya rerata persentase polimorfisme pada dua kombinasi tetua karena tiga genotipe yang digunakan berasal dari 'IR 64'. Segmen introgresi donor pada 'Code' diperkirakan membawa pengendali gabah per malai selain qTSN4 sehingga 'Code' memiliki gabah per malai yang lebih banyak dan berbeda nyata dibandingkan 'IR 64' dan berdasarkan uji Dunnett W=5%. Verifikasi F1 menggunakan penanda mikrosatelit RM 17483, RM5556, RM6838 dan RM20582 menunjukkan individu F1 'Code' × IR64-NILs-qTSN4[YP9] dengan nomor tanaman 61-73 serta individu F1 'Code' × IR64-NILs-qDTH8[YP1] dengan nomor tanaman 86-100 dapat digunakan sebagai material silang balik dengan 'Code' dalam perakitan BC1F1.

Marker-assisted selection (MAS) is more accurate technique than conventional selection because only individuals which have locus and gene target are selected. The objective of this research was to determine the distribution of parental polymorphism and position of donor segment on whole parental genome and also F1 verification associated with the quantiative trait loci (QTL) for total spikelet number on chromosome 4 (qTSN4), day to heading on chromosome 8 (qDTH8) and Xa7 on chromosome 6. This research was conducted at Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development by February up to September 2013. Three rice genotypes ‘Code, IR64-NILs-qTSN4[YP9] and IR64-NILsqDTH8[ YP1] and also their recurrent parent 'IR 64' were analyzed for polimorphism using 412 microsatellite markers and 1 STS marker, M5. Two 'IR 64' near isogenic lines (IR64-NILs) used as parental for improving ‘Code’ with higher yield, early maturity and also resistant to bacterial leaf blight. The results show low percentage of polymorphism on two combination parent due to three genotypes are used derived from 'IR 64'. Introgressed donor segment in ‘Code’ speculate that carrying genes related spikelet number per panicle besides qTSN4 so that ‘Code’ has spikelet number per panicle higher and significantly different than ‘IR 64’ based on Dunnett test W=5%. F1 verification using microsatellite markers RM17483, RM5556, RM6838 and RM20582 represent F1 'Code' × IR64-NILs-qTSN4[YP9] with number of plant 61-73 and also F1 'Code' × IR64-NILs-qDTH8[YP1] with number of plant 86-100 can be used as backcross material with 'Code' to create BC1F1.

Kata Kunci : 'Code', MAS, qTSN4, qDTH8, Xa7.