KARAKTERISASI FRAGMEN 0,4 kb GEN PUTATIF LIPASE DARI BAKTERI Azospirillum sp. JG3

ERY NOURIKA ALFIRAZA, Dr. Tri Joko Raharjo, M.Si; Dr. Respati Tri Swasono, M.Phil

2014 | Skripsi | KIMIA

Telah dilakukan karakterisasi fragmen 0,4 kb gen putatif lipase dari bakteri Azospirillum sp. JG3. PCR (Polymerase Chain Reaction) dilakukan terhadap DNA Azospirilium sp. JG3. dengan menggunakan primer yang didesain berdasarkan urutan gen pengkode asilgliserol lipase pada spesies Azospirilium sp. B510 yang sudah dipublikasi di genebank. Proses amplifikasi dimulai dengan melakukan isolasi DNA bakteri sebagai template PCR. PCR dilakukan dengan kondisi predenaturasi pada 95 °C selama 5 menit, diikuti 35 siklus dari denaturasi pada 95 °C selama 30 detik, annealing pada 58 °C selama 45 detik dan ekstensi pada 72 °C selama 45 detik. Siklus terakhir, yakni pada 72 °C, diperpanjang selama 5 menit. Fragmen hasil PCR kemudian diisolasi untuk dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis untuk menentukan homologi dengan gen pengkode lipase lain dalam genebank. Primer hasil desain, yaitu AZF5 (5‘ CACCTACGCCTATGACCAG 3‘) dan AZR5 (5‘ TCTCGATGTTGTCGGATGG 3‘) dapat mengamplifikasi template DNA bakteri dan menghasilkan 4 fragmen. Diantara keempat fragmen tersebut, terdapat satu fragmen yang ukurannya mendekati fragmen target, yaitu sebesar 0,4 kb. Berdasarkan analisis hasil sekuensing dengan menggunakan Clustal, urutan DNA fragmen gen Azospirillum sp.JG3 mempunyai kemiripan dengan urutan DNA pengkode lipase bakteri Azospirillum sp. B510 sebesar 46,90% sehingga dimungkinkan bahwa fragmen 0,4 kb adalah bagian dari gen putatif lipase bakteri Azospirilium Sp. JG3.

Characterization of 0.4 kb gene fragment encoding lipase from Azospirillum sp. JG3 has been carried out. Study was aimed to obtain nucleotide sequence of lipase gene fragment of the bacteria. A PCR (Polymerase Chain Reaction) amplification was performed using primers designed based on the acylglicerol lipase gene from Azospirillum sp. B510 which was published in genebank. Amplification process began with an isolation of bacterial DNA as PCR template. PCR conditions were denaturation at 95 °C for 5 minutes, 35 cycles of denaturation at 95 °C for 30 seconds, annealing at 58 °C for 45 seconds and extension at 72 °C for 45 seconds and final cycle at 72 °C was extended for 5 minutes. PCR fragment was isolated for sequencing subsequently. Result of the sequencing were analyzed to determine the homology with another lipase gene from genebank. The designed primers, AZF5 (5‘ CACCTACGCCTATGACCAG 3‘) and AZR5 (5‘ TCTCGATGTTGTCGGATGG 3‘) can amplify DNA template resulting four fragments. One of those fragments has size 0.4 kb, which is close to the target size. The sequence analysis of PCR fragment showed that DNA sequence has 46.90% similarity to acylglycerol lipase DNA sequence of Azospirillum sp. B510. Therefore, the amplified fragment is likely part of lipase putative gene of Azospirillum sp. JG3

Kata Kunci : PCR, lipase, Azospirillum sp. JG3