IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB DAUN KERITING PADA MELON (Cucumis melo L.)

Fariha Wilisiani, Prof. Dr. Ir. Susamto Somowiyarjo, M.Sc.

2014 | Tesis | S2 Bioteknologi

Dalam budidaya melon (Cucumis melo L.) di Yogyakarta terdapat salah satu kendala yaitu adanya penyakit daun keriting dengan gejala khas infeksi Begomovirus. Belum tersedianya informasi mengenai jenis dan ciri patogen virus penyebab penyakit tersebut merupakan salah satu kendala penting dalam menentukan strategi pengelolaan virus tersebut. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi secara molekuler virus penyebab daun keriting pada melon di Yogyakarta dan mengetahui hubungan kekerabatan virus tersebut dengan virus anggota Begomovirus lain penyebab daun keriting yang telah dipublikasi di database genebank. Penelitian dilakukan dengan beberapa tahapan, yaitu penyandraan gejala daun keriting di lapangan, isolasi DNA virus, identifikasi Begomovirus dengan primer universal Krusty Homer (Revill et al., 2003), deteksi DNA-A dan DNA-B Begomovirus dengan primer Gemini full BamH1 forward dan reverse untuk full genome DNA-A (Nishigawa, komunikasi pribadi) serta primer BF518 dan BR1641 (Reddy et al., 2005) untuk DNA-B, sequencing genom, dan analisis hubungan kekerabatan sequence tersebut dengan Begomovirus lain penyebab daun keriting. Hasil pengamatan lapangan yang dilakukan di Sewon Bantul diperoleh tanaman melon dengan gejala khas infeksi Begomovirus, yaitu gejala awal infeksi ditunjukkan dengan bercak kuning pada daun, berkembang menjadi penebalan tulang daun, daun keriting, dan pertumbuhan tanaman terhambat. Hasil identifikasi secara molekuler dengan PCR menunjukkan bahwa virus penyebab daun keriting pada melon adalah Begomovirus, memiliki DNA-A dan DNA-B. Analisis hubungan kekerabatan virus penyebab daun keriting pada melon dengan Begomovirus lain penyebab daun keriting menunjukkan bahwa virus tersebut berkerabat dekat dengan Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (AB267834) berdasarkan sekuen nukleotida dan asam amino sebagian coat protein Begomovirus. Hasil penelitian ini merupakan laporan pertama infeksi PepYLCIDV dengan bipartite genome pada tanaman melon dengan gejala daun keriting secara alamiah di Indonesia.

There is a problem faced in the development of melon (Cucumis melo L.) in Yogyakarta, which is the presence of leaf curl disease with a specific sym ptom of Begomovirus infection. The minor information of kinds and patogenic characteristics of this causing virus is one of the significant problems to find the strategy to solve the virus problem. The purpose of this research is to molecularly identify the leaf curl causing virus in melon in Yogyakarta and to find the genetic relationship of this virus with other Begomovirus members which cause leaf curl disease which has been published in Genebank database. This research was conducted through several phases, which are: curly leaves taking on the field, virus DNA isolation, Begomivirus identification using universal primer Krusty Homer (Revill et al, 2003), Begomovirus DNA-A and DNA-B detection using primer Gemini full BamH1 forward and reverse for full genome DNA-A (Nishigawa, private communication) and primer BF518 and BR1641 (Reddy et al, 2005) for DNA-B, genome sequencing and genetic relationship analysis of the sequence with other Begomovirus causing leaf curl. The result of field observation which was conducted in Sewon found some melon plant with symptom of Begomovirus infection, in early infection which are yellow patterns on the leaves, and curl on the leaves' edge, and followed by stunted of the plant. The molecular identification result using PCR shows that leaf curl causing virus in melon is Begomovirus, having DNA-A and DNA-B. Genetic relationship analysis of this virus with other Begomovirus causing leaf curl shows that this virus is closely related with Pepper yellow leaf curl Indonesia virus (AB267834) based on nucleotide and amino acid sequencing as coat protein of Begomovirus. The result of this research is the first report of PepYLCIDV infection with bipartite genome in melon plant with natural leaf curl symptom on Indonesia.

Kata Kunci : melon, daun keriting, Begomovirus, PepYLCIDV (AB267834).