FENOTIPE DAN MOLEKULER Pasteurella multocida PENYEBAB BRONCHOPNEUMONIA PADA BABI DI YOGYAKARTA

VICTOR LENDA, Prof. drh. Kurniasih, MVSc. Ph.D.

2013 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Pasteurella multocida adalah spesies penting yang patut diduga merupakanpenyebab bronchopneumonia pada babi. Prevalensi pneumonia pasteurellosis pada Rumah Potong Hewan (RPH) berkisar antara 30-80%. Pengembangan teknik molekuler dalam mendukung diagnosis dan analisis keragaman genetik dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) sangat diperlukan. Tujuan penelitian ini adalah: 1) mengetahui mikroorganisme penyebab gangguan respirasi atau pneumonia pada babi di Yogyakarta dengan uji morfologi dan biokimiawi, 2) meneguhkan hasil identifikasi secara molekuler dengan metode PCR, dan 3) mengetahui variasi genetik isolat P. multocida di Yogyakarta dengan isolat P. multocida luar negeri. Sejumlah 6 ekor babi yang diperoleh dari beberapa peternakan babi di Yogyakarta dengan gejala klinis pneumonia dinekropsi, diisolasi dan diidentifikasi penyebab pneumonia, dilanjutkan dengan pemeriksaan histopatologi dan karakterisasi biokimiawi dari isolat. Uji molekuler dilakukan dengan ekstraksi DNA menggunakan QIAGEN QIAamp DNA minikit, amplifikasi pada gen 16S rRNA menggunakan forward primer 5’-GTG GGA AAC TGC AGC TAA TAC C-3’, dan reverse primer 5’- GTA GGT AAG GTT CTT CGC GTT G-3’, elektroforesis, purifikasi dan sekuensing. Hasil pemeriksaan makroskopik dan histopatologi dianalisa secara deskriptif. Hasil sekuensing dianalisis dengan Multiple alignment dengan data spesies Pasteurella spp. lain dari GenBank menggunakan perangkat lunak clustal W, dilanjutkan dengan menggunakan metode Neighbour-Joining dan Maximum Parsimony yang ada pada program MEGA versi 5.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa P. multocida merupakan salah satu penyebab utama bronchopneumonia pada babi di daerah Yogyakarta dengan gejala klinis anoreksia, dipsnoea, dan batuk dengan eksudasi serous hingga mukopurulen. Pulmo menunjukkan hepatisasi kelabu pada dorsocranial, hemoragi multifokal dan kongesti. Perubahan histopatologi tampak bronchopneumonia fibrinosa dan bronchopneumonia catharrhalis. Analisis gen 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat P. multocida asal pulmo babi penderita bronchopneumonia dengan jarak genetik berdasarkan 765 nukleotida adalah sebesar 0%. Filogram berdasarkan hasil urutan nukleotida menunjukkan kekerabatan yang sangat erat antara isolat P. multocida asal Yogyakarta dengan isolat dari Amerika Serikat, China, Eropa, Amerika dan Hungaria.

Pasteurella multocida is an important species that are suspected to cause bronchopneumonia in pigs. Prevalence of pneumonia pasteurellosis in slaughter house between 30-80%. Development of molecular techniques in support of diagnosis and analysis of genetic diversity by the method of Polymerase Chain Reaction (PCR) is needed. The purpose of this study were 1) determined the microorganisms that caused respiratory disorders (cough) or pneumonia in pigs in Yogyakarta area with morphological and biochemical tests, 2) confirmed the results of identification using PCR and, 3) determined the genetic variation of P. multocida isolates in Yogyakarta with other P. multocida isolates abroad. A number of 6 pigs were obtained from some pig farming in Yogyakarta with clinical symptoms of pneumonia were necropted, isolated and identified the cause of pneumonia, followed by histopathological examination and biochemical characterization of the isolates. Molecular test performed by DNA extraction using the QIAGEN QIAamp DNA minikit, amplification of the 16S rRNA gene using forward primer 5'-GGA GTG AAC TGC AGC TAA TAC C-3', and reverse primer 5'-GTA GGT AAG CTT CGC GTT GTT G-3', electrophoresis, purification and sequencing. Macroscopic and histopathological examination results were analyzed descriptively. Sequencing results were analyzed by multiple alignment with other Pasteurella spp. taken from GenBank using the Clustal W software, subsequently analyzed using Neighbour-Joining and Maximum Parsimony method that exist in program MEGA version 5.1 The results showed that P. multocida is one of the main causes of bronchopneumonia in pigs in Yogyakarta with clinical symptoms of anorexia, dipsnoea, cough with serous to mucopurulent exudation. Pulmo showed grayish hepatization on dorsocranial, multifocal hemorrhagic and congestion. Histopathological changes found fibrinous bronchopneumonia and bronchopneumonia catharrhalis. Analysis of 16S rRNA showed that P. multocida isolates from lung of bronchopneumonia of swine in Yogyakarta with genetic distance based on 765 nucleotides is at 0%. Filogram based on the nucleotide sequence showed a high similarity between P. multocida isolates from Yogyakarta and other isolates from USA, Germany, China, Europe, and Hungaria.

Kata Kunci : Pasteurella multocida, bronchopneumonia, babi, gen 16S rRNA, filogenetik