IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS PENYEBAB MOSAIK PADA KAKAO DI YOGYAKARTA

WIWIT PROBOWATI, Prof. Dr. Ir. Susamto Somowiyarjo, M.Sc.,

2013 | Tesis | S2 Bioteknologi

yang diperoleh dari klon Indonesia merupakan produsen kakao terbesar nomor dua dunia setelah Pantai Gading. Perkebunan kakao di Indonesia sebagian besar (93%) dengan luas tanaman sebesar 1,652 juta ha merupakan kebun milik rakyat dan menyerap tenaga kerja sebanyak 1,64 juta orang serta nilai ekspor lebih dari US$ 1,6 milyar/tahun, sehingga kakao merupakan komoditi strategis. Dalam budidaya kakao di Indonesia banyak dijumpai kendala produksi salah satunya serangan hama dan penyakit. Penyakit kakao yang sampai saat ini merugikan adalah adanya penyakit mosaik kakao yang disebabkan oleh Cacao Swollen Shoot Virus (CSSV). Meskipun keberadaan tanaman kakao yang menunjukkan gejala CSSVtelah lama dilaporkan, namun virus penyebab penyakit belum diketahui secara jelas dan tepat, sehingga belum diketahui cara pengendaliannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji secara molekuler virus penyebab penyakit mosaik kakao DR1 (Djati Roenggo) dari kebun kakao di wilayah Kalibawang Kulonprogo DIY. Metode penelitian meliputi pengamatan lapangan tanaman bergejala mosaik.Kemudian pengamatan morfologi virus menggunakan mikroskop elektron dengan metode quick dipping. Analisis PCR dengan primer conserved region ORF1 CSSV digunakan untuk deteksi keberadaan virus pada tanaman terinfeksi di lapangan. Identifikasi karakter molekuler virus penyebab mosaik dilakukan dengan analisis PCR-sequencing. Hasil sekuen dianalisis menggunakan program BioEdit dan program Mega5 untuk membuat dendogram hubungan kekerabatan. Hasil survei menunjukkan bahwa tanaman kakao klon DR1 di kebun Kalibawang terserang penyakit mosaik dengan gejala yang khas pada daun tanaman kakao dengan visual tingkat keparahan ringan. Hasil pengamatan mikroskop elektron menunjukkan bahwa ditemukan partikel virus berbentuk batang dengan panjang sekitar 100 nm dan diameter 15,3 nm. Pada tingkat molekuler terbukti bahwa virus penyebab mosaik adalah CSSV yang teramplifikasi pada daerah conserved dengan ukuran 375 bp. Hasil tersebut merupakan laporan pertama bahwa secara molekuler penyebab mosaik kakao di Indonesia adalah CSSV. Karakter molekuler CSSV isolat DIY berbeda jauh dengan kelompok dari luar negeri.

Indonesia has been the second biggest producer of cacao after Ivory Coast. Cacao plantation in Indonesia which spreads over 1.652 million ha is mostly managed by smallholders. Cacao has become a beneficial comodity which can provide job opportunities for over 1.64 million people, so that it contributes more than US $ 1.6 billion/year. However, pest and disease infections are inevitable common constraints for the cultivators. The current disease is of Cacao Swollen Shoot Virus (CSSV). Despite its symptoms in the cacao trees are obvious, the existence of this viral being is unknown yet, nor the prevention steps to deal with it. The information on its diversity will really help comprehend the epidemiologic development and countermeasures as well as the virus evolution. This research is intended to study the mosaic disease virus molecularly, which is obtained from clon DR1 in Kalibawang, Kulon Progo cacao plantation. The virus morphology is observed by using an transmission electron microscope with quick dipping method. The PCR analysis with conserved region ORF1 primary is applied to detect the viral existence in the infected trees. Identification of CSSV molecular characters is undertaken by PCR sequencing analysis. The sequence is analysed by using BioEdit and Mega5 programs to initiate a kinship dendogram. The result shows that clon DR1 cacao trees in Kalibawang are infected by mosaic disease with mild visual severity on leaf typical symptom. From the electronic microscope observation, a ±100 nm rod-shaped viral particle with diameter of 15.3 mm is found. In the molecular level, the cause of mosaic symptom is CSSV amplified at conserved area with size of 375 bp. The result is the first report confirming that the molecular cause of cacao mosaic in Indonesia is CSSV. CSSV molecular characters on DIY isolate are much different with those found abroad.

Kata Kunci : Kakao, C acao swollen shoot virus, PCR, sequencing, karakter molekuler