AMPLIFIKASI DAN SEKUENSING GEN PENYANDI VIRAL PROTEIN 2 (VP2) CANINE PARVOVIRUS TIPE 2a DARI SPESIMEN DARAH ANJING

NURRIA NOVENDITA, Dr. drh. Aris Haryanto, M.Si.

2013 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Canine Parvovirus merupakan agen etiologi penyebab infeksi viral Canine Parvovirus yang bersifat sangat menular dan fatal yang menyerang pada anjing. Virus ini terbagi atas tiga tipe yang berbeda yang terdistribusi secara luas di seluruh dunia, yaitu CPV-2a, CPV-2b, dan CPV-2c. Infeksi yang diakibatkan oleh CPV memiliki gejala klinis berupa gastroenteritis, demam, anoreksia, letargi, dan kematian. Penelitian ini bertujuan untuk mengekstraksi DNA yang berasal dari Canine Parvovirus dan kemudian diamplifikasi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan gen target pada protein kapsid VP2. Produk PCR yang diperoleh kemudian dilakukan sekuensing untuk melihat urutan nukleotida yang ada pada hasil positif tersebut. Manfaat dari penelitian adalah untuk melihat tipe spesifik dari CPV dari spesimen darah dengan menggunakan metode PCR dan sekuensing genetik. Materi yang dipergunakan adalah spesimen darah yang diambil dari pasien anjing yang diduga menderita infeksi CPV. Spesimen darah diambil kemudian diekstraksi DNA totalnya untuk dilanjutkan ke proses amplifikasi gen penyandi protein kapsid VP2 yang memiliki panjang produk PCR sebesar 518 bp. Hasil positif yang diperoleh kemudian dikirimkan untuk kepentingan sekuensing untuk mengetahui urutan nukelotida dari sampel yang diperoleh. Hasil sekuensing kemudian dianalisis menggunakan program MEGA 5.10 dan BLAST dari NCBI. Hasil ekstraksi DNA dari sepuluh specimen darah dan diamplifikasi pada gen penyandi VP2, didapatkan sebuah sampel yang positif menunjukkan pita DNA pada ukuran 518 bp. Hasil positif ini kemudian disekuensing dan dianalisis. Berdasarkan hasil analisis sekuensing yang dilakukan, didapatkan hasil bahwa sampel yang diperoleh 100% identik dengan tiga contoh isolat sampel CPV-2a dari GenBank, dapat disimpulkan bahwa metode PCR pada gen VP2 dan sekuensing nukleotida dapat dipergunakan untuk menentukan tipe CPV.

Canine Parvovirus is the etiology agent of CPV infection that is highly contagious and fatal affecting both wild and domesticated dogs. The CPV is divided into three distinct types that have worldwide distribution, the CPV-2a, CPV-2b, and CPV-2c. The infection causes the severe gastroenteritis, fever, anorexia, lethargy, and death. The objective of this study is to extract the DNA of Canine Parvovirus with the unknown type and then amplified using Polymerase Chain Reaction (PCR) method at the gene encoding the capsid protein VP2. The PCR product obtained then sequenced to determine the nucleotide order of the virus. This study is done to determine the specific type of CPV from fresh blood specimen using PCR and genetic sequencing. The material used in this study is ten fresh blood specimens taken from canine patients admitted in the Prof. Soeparwi Animal Hospital and private veterinary clinics. The specimen then undergone DNA extraction and amplification of the gene encoding the viral protein VP2 with the PCR product length is 518 bp. The positive result then sent for sequencing to determine the order of the nucleotides. The sequencing result then analyzed using MEGA 5.10 and BLAST programs from NCBI. From ten specimens extracted and amplified, one positive sample showed positive result indicated by DNA band on the size of 518 bp. The positive result then sequenced and analyzed. The analysis showed that the sampel obtain was 100% identical to three CPV-2a isolates from GenBank. This concludes that the PCR of the VP2 gene and nucleotide sequencing can be used to determine the specific type of CPV from the fresh blood specimen.

Kata Kunci : Canine Parvovirus tipe 2a, spesimen darah, protein kapsid VP2, PCR, sekuensing DNA