KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 6 (ND6) PADA Tarsius spectrum DAN Tarsius dianae

ANTONOV AFIKANA, DR. drh. Rini Widayanti, MP.

2013 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Tarsius merupakan salah satu jenis primata Indonesia yang terancam punah. Kemiripan morfologi dan anatomi antar spesies menyulitkan dalam identifikasi, klasifikasi serta konservasi. Keberhasilan tujuan tersebut diperlukan suatu teknik yang relatif akurat untuk keperluan diferensiasi antar spesies hingga tingkat genetika molekuler. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman genetik pada Tarsius sp. berdasarkan sekuen penyusun gen penyandi NADH dehydrogenase Sub-unit 6 (ND6). Sampel DNA diisolasi dari potongan otot bisep femoraalis sampel Tarsius spectrum asal Airmadidi, sulawesi utara dan satu sampel Tarsius dianae asal Sulawesi Tengah. Sampel DNA kemudian diamplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer ND6F lama dan ND6R. Proses amplifikasi menghasilkan produk PCR 662 bp yang kemudian disekuensing. Hasil sekuensing kemudian dianalisis menggunakan program MEGA versi 5.05 dan dibandingkan dengan beberapa spesies Tarsius sp. Lain yang didapatdari Genbank. Hasil analisis diperoleh jarak genetik antara Tarsius spectrum dan Tarsius dianae yaitu 4,7% dan berdasarkan sekuen asam amino sebesar 1,8%. Filogram menggunakan metode neighbor joining berdasarkan hasil urutan nukleotida dan asam amino ND6 dapat membedakan antara Tarsius spectrum dan Tarsius dianae didukung dengan nilai bootstarp 100%. Sekuen pada gen ND6 dapat digunakan untuk membedakan Tarsius dianae dan Tarsius spectrum.

Tarsius is one of Indonesia’s primate species which are threatened to extinction. Morphological and anatomical homology among the species complicate the identification, classification and conservation. These objectives, it required a relatively accurate technique to distinguish those species up to molecular genetics level. The main objective of this research is to analyze the genetic diversity in Tarsius sp. based on sequences of NADH dehydrogenase subunit 6 (ND6) encoding gene. DNA samples are isolated from bicep femoris muscle of three Tarsius spectrum from Airmadidi, Nort of Celebes and a Tarsiusdianae from Center of Celebes. DNA Samples than amplificated with Polymerase Chain Reaction (PCR) technique used ND6F lama and ND6R. Amplification process produces PCR 621 bp which than sequenced. Sequencing result then analyzed using MEGA 5.05 version program and compared with some other Tarsius sp. species obtained from Genbank. Analysis result showed that the genetics distance between Tarsius spectrum and Tarsius dianae is 4.7% and based on the amino acid sequence is 1.8%. The phylogram which is using neighbor joining method based on nucleotide sequences and amino acid sequences of ND6 can be used to differentiate of Tarsius spectrum and Tarsius dianae, it is support by 100% bootstraps value. Sequence on ND6 region could be used to differentiate Tarsius dianae and Tarsius spectrum.

Kata Kunci : Tarsius spectrum, Tarsius dianae, ND6, sekuen DNA