KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 6 (ND6) PADA Tarsius bancanus ASAL KALIMANTAN DAN SUMATERA

PAMUNGKAS BAGUS SATRIYO, Dr. drh. Rini Widayanti, MP.

2013 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Tarsius sp. adalah salah satu primata endemik di Indonesia yang masuk dalam kategori “vulnerable” yang ditetapkan oleh International Union for Conservation Nature and Natural Resources (IUCN). Upaya konservasi in-situ dan ek-situ pada satwa ini akan lebih optimal apabila keragaman genetiknya diketahui dengan pasti. Tujuan utama penelitian ini adalah mempelajari keragaman genetik gen penyandi ND6 pada T. bancanus asal Kalimantan dan Sumatera. Hasil isolasi DNA digunakan untuk cetakan pada proses amplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Polymerase Chain Reaction dilakukan menggunakan primer ND6F dan ND6R dengan kondisi suhu predenaturasi 94 o C selama 5 menit, denaturasi suhu 94 o C selama 30 detik, penempelan primer (annealing) suhu 56 o C selama 45 detik, pemanjangan (elongation) suhu 72 o C selama 1 menit, diakhiri dengan penambahan (post elongation) suhu 72 o C selama 5 menit. Produk PCR ND6 berukuran 564 bp. Hasil sekuensing gen ND6 diperoleh urutan nukleotida sepanjang 513 bp setelah dibandingkan dengan primata lain yang diambil dari Genbank. Hasil analisis dengan program MEGA 5.05 didapatkan bahwa terdapat 4 nukleotida dan 1 asam amino beda antara T. bancanus asal Kalimantan dan asal Sumatera. Jarak genetik berdasarkan sekuen nukleotida gen ND6 yang dianalisis menggunakan Kimura 2-parameter antara T. bancanus asal Kalimantan dan T. bancanus asal Sumatera adalah 0,4%. Filogram menggunakan metode neighbour joining berdasarkan hasil urutan nukleotida dan asam amino penyusun protein ND6 dapat membedakan T. bancanus asal Sumatera dan T. bancanus Kalimantan dari T. bancanus (Genbank) dan T. syrichta (Genbank).

Tarsius sp. is one of Indonesian endemic primate species which are “vulnerable” as reported by the International Union for Conservation Nature and Natural Resources (IUCN). In-situ and ex-situ conservation of this spesies would yield better results when it’s genetic information and diversity determined. The main object of this is to analyse genetic diversity study on ND6 encoding gene in T. bancanus from Borneo and Sumatera. The result of DNA isolation is used as a printing for the process of PCR amplification. The results of PCR process is sequenced using the primers ND6F and ND6R with temperature conditions predenaturation 94 0 C for 5 minutes, denaturation temperature is 94 0 C for 30 second, primer annealing temperature is 56 0 C for 45 second, elongation temperature 72 0 C for 1 minutes, ended with addition of (extention) 72 0 C for 5 minutes. The result of ND6 gene sequences is obtained 513 base nucleotide sequence after multiple aligned with other primates which are taken from Genbank. Results of analysis with program MEGA version 5.05 is obtained that are 4 different nucleotides and 1 different amino acid between T. bancanus from Borneo and Sumatera. The genetic distance based on nucleotides sequences of ND6 gene were analysed using the Kimura 2-parameter between T. bancanus from Kalimantan and T. bancanus from Sumatera was 0,4%. Filogram using neighbour joining method based on nucleotide and amino acid sequence of ND6 gene can distinguish T. bancanus from Sumatera and T. bancanus from Borneo with T. bancanus (Genbank) and T. syrichta (Genbank).

Kata Kunci : T. bancanus (Genbank), T.bancanus, T. syrichta (Genbank), gen ND6, sekuen DNA