KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 6 (ND6) PADA Tarsius bancanus bancanus DAN Tarsius dianae

RUDIAR ANISA, Dr. drh. Rini Widayanti, MP.

2013 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Tarsius sp. merupakan primata nokturnal kecil yang dapat ditemukan di Indonesia yang populasinya semakin menurun sehingga diperlukan usaha konservasi untuk pelestariannya. Spesies tarsius sulit diidentifikasi karena secara morfologi sulit dibedakan, sehingga untuk keberhasilan konservasinya diperlukan penanda genetik untuk Tarsius sp. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari keragaman genetik gen penyandi NADH Dehydrogenase sub-unit 6 (ND6) pada Tarsius sp. Sampel DNA diisolasi dari otot femur tiga sampel Tarsius bancanus bancanus yang berasal dari Lampung dan satu sampel Tarsius dianae yang berasal dari Sulawesi Tengah. Sampel DNA kemudian diamplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer ND6F dan ND6R untuk sampel T. b. bancanus dan primer ND6F lama dan ND6R untuk sampel T. dianae. Proses amplifikasi menghasilkan produk PCR sebesar 586 base pair (bp) (T. b. bancanus) dan 662 bp (T. dianae) yang kemudian disekuensing. Hasil sekuensing kemudian dianalisis menggunakan program MEGA versi 5.05 dan dibandingkan dengan beberapa spesies Tarsius sp. lain yang didapat dari Genbank. Hasil analisis diperoleh jarak genetik T. b. bancanus dan T. dianae berdasarkan sekuen nukleotida sebesar 28,7% dan berdasarkan sekuen asam amino sebesar 27,1%. Konstruksi pohon filogenik berdasarkan sekuen nukleotida dan asam amino gen ND6 dengan metode Neighbor-Joining dapat membedakan Tarsius bancanus bancanus, Tarsius dianae dan Tarsius sp. pembanding.

Tarsius sp. is a small nocturnal primate that found in Indonesia, which decreased in population, and needs conservation attempt to preserve them. Species of tarsius is very difficult to identify because of their morphology are nearly the same and for its success of conservation, it needs encoding gene for them. The main objective of this research is to study about the genetic diversity of NADH Dehydrogenase Sub-unit 6 (ND6) encoding gene on Tarsius sp. DNA samples are isolated from the thigh muscle of three Tarsius bancanus bancanus from Lampung and a Tarsius dianae from Center of Celebes. DNA Samples than amplificated with Polymerase Chain Reaction (PCR) technique used ND6F and ND6R primer for T. b. bancanus samples and ND6F lama and ND6R primer for T. dianae samples. Amplification process produces PCR product with 586 base pair (bp) (T. b. bancanus) and 662 bp (T. dianae) which than sequenced. Sequencing result then analyzed using MEGA 5.05 version program and compared with some other Tarsius sp. species obtained from Genbank. Analysis result showed that the genetic distance based on nucleotide sequence was 28,7% and based on amino acid sequence was 27,1%. Construction of phylogeny tree based on nucleotide and amino acid of ND6 gene with Neighbor-Joining method could differentiate Tarsius bancanus bancanus and Tarsius dianae with Tarsius sp. as comparing species.

Kata Kunci : Tarsius bancanus bancanus, Tarsius dianae, ND6, sekuen DNA