KARAKTERISASI FRAGMEN 0,8 DAN 0,2 kb GEN PUTATIF LIPASE DARI BAKTERI Azospirillum sp. JG3

DILIN RAHAYU NATANINGTYAS, Deni Pranowo, S.Si., M.Si.

2014 | Skripsi | KIMIA

. Telah dilakukan penelitian mengenai karakterisasi fragmen 0,8 dan 0,2 kb hasil amplifikasi PCR dari Azospirillum sp. JG3. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan urutan fragmen gen lipase bakteri tanah ini. Amplifikasi fragmen gen dilakukan dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) yang dimulai dengan mendesain primer berdasarkan urutan gen pengkode asilgliserol lipase dari Azospirillum sp. B510 yang telah terpublikasi di genebank. Hasil desain primer disintesis dan digunakan untuk amplifikasi PCR terhadap total DNA yang diisolasi dari bakteri Azospirillum sp. JG3. Kondisi reaksi PCR yang digunakan adalah denaturasi awal 95 °C selama 5 menit diikuti 35 siklus dari denaturasi pada 95 °C selama 30 detik, penempelan primer pada 57 °C selama 30 detik, dan ekstensi pada 72 °C selama 45 detik serta ekstensi akhir diperpanjang 5 menit. Dua fragmen hasil PCR kemudian diisolasi dan dimurnikan untuk dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis dengan membandingkan urutan nukleotida gen lipase milik Azospirillum sp B510 dan gen lipase yang ada di genebank. Ada beberapa kandidat primer yang dihasilkan dari hasil desain dan primer yang terpilih 􀁄􀁇􀁄􀁏􀁄􀁋 ADS􀁒53 (5􀂶 GGA TCA CCT ATA CCC TCG TC 3􀂶) dan AzoR3 (5􀂶 CTT CAG GTC ACG CAA CAG 3􀂶) dapat mengamplifikasi cetakan DNA bakteri ini dengan ukuran 0,8 dan 0,2 kb. Analisis hasil sekuensing fragmen PCR masing-masing menunjukkan kemiripan sebesar 55,59% (0,8 kb) dan 61,03% (0,2 kb) dengan urutan DNA asilgliserol lipase Azospirillum sp. B510. Dengan demikian fragmen 0,8 kb dan 0,2 kb hasil amplifikasi diduga merupakan fragmen yang mirip (putatif) dengan bagian gen lipase dari satu genus.

Characterization of 0.8 and 0.2 kb PCR fragment from bacterium Azospirillum sp. JG3 has been accomplished. This study is aimed to obtain nucleotide sequence of lipase gene fragment from the bacterium. PCR (Polymerase Chain Reaction) amplification was performed using primers that were designed based on the nucleotide sequence encoding acylglycerol lipase present in Azospirillum sp. B510 which has been published in genebank. The results of designed primer were synthesized and used for PCR using isolated DNA from bacterium Azospirillum sp. JG3 as template. The PCR conditions were: denaturation at 95 °C for 5 min, 35 cycles of denaturation at 95 °C for 30 s, annealing at 57 °C for 30 s, extension at 72 °C for 45 s, and final extension for 5 min. Two PCR fragments were isolated and purified for sequencing subsequently. The nucleotide sequences were analyzed by comparing the nucleotide sequence of lipase gene from Azospirillum sp. JG3 and others lipase genes from genebank. There were several candidate primers from design process and the selected primers were AzoF3 (5􀂶 GGA TCA CCT ATA CCC TCG TC 3􀂶) and AzoR3 (5􀂶 CTT CAG GTC ACG CAA CAG 3􀂶) which could amplify DNA template of this bacterium resulting 0.8 and 0.2 kb respectively. The sequence analysis of each PCR fragments showed that DNA sequences have 55.59% (0.8 kb) and 61.03% (0.2 kb) similarity to acylglycerol lipase DNA sequence of Azospirillum sp. B510. Therefore the amplified 0.8 and 0.2 kb fragments could be part of lipase putative gene.

Kata Kunci : Gen lipase, PCR, Azospirillum sp. JG3