Analisis SSCP pada QRDR gen gyr A. Mycobacterium tuberculosis untuk mendeteksi resistensi terhadap siprofloksasin

PINATIH, Komang Januartha Putra, Prof.Dr.dr. Hardyanto S., SpKK

2001 | Tesis | S2 Kedokteran Tropis

Analisis SSCP pada QRDR (Quinolone-Resistance Determining Region) gen gyrA dilakukan terhadap sepuluh isolat klinik M.tuberculosis ( 7 isolat resisten siprofloksasin dan 3 isolat sensitif siprofloksasin ) untuk mengetahui apakah resistensi terhadap siprofloksasin dapat dideteksi dengan metode ini. Metode yang digunakan mencakup amplifikasi terhadap QRDR gen gyrA dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dan identifikasi adanya mutasi dengan melakukan analisis SSCP (Single-Strand Conformation Polymorphisms) terhadap produk PCR. Mutasi yang berupa substitusi basa dideteksi dengan melihat adanya perubahan mobilitas elektroforetik pada DNA untai tunggal dibandingkan dengan isolat kontrol ( kuman standar M. tuberculosisH3 7Rv ). Hasil penelitian menunjukkan adanya perubahan mobilitas elektroforetik pada ketujuh isolat resisten siprofloksasin, sedangkan isolat-isolat yang sensitif siprofloksasin menunjukkan pola migrasi DNA yang identik dibandingkan dengan kontrol. Pada pola migrasi yang ditunjukkan oleh isolat resisten siprofloksasin, tampak adanya 2 pola migrasi yang berbeda. Perbedaan pola migrasi ini kemungkinan berkaitan dengan perbedaan jenis substitusi basa yang terjadi pada segmen DNA tersebut. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa teknik ini relatif sederhana dan cepat, serta berguna sebagai metode alternatif untuk mendeteksi resistensi M. tuberculosis terhadap siprofloksasin yang berkaitan dengan mutasi pada gen gyrA. Selain itu, teknik ini dapat pula dicoba sebagai metode alternatif untuk melakukan uji kepekaan kuman M. tuberculosis terhadap siprofloksasin atau antibiotika golongan kuinolon lainnya.

SSCP analysis of the Quinolone-Resistance Determining Region (QRDR) of Mycobacterium tuberculosis gyrA gene from a total of 10 clinical isolates of M.tubercuZosis (7 ciprofloxacin-resistant isolates and 3 ciprofloxacin-sensitive isolates) was used to detect resistance against ciprofloxacin. The detection method involved the amplification of the Quinolone-Resistance Determining Region (QRDR) of gyrA gene by polymerase chain reaction (PCR) and identification of mutations by single-strand conformation polymorphisms analysis (SSCP) of the amplification product. Mutation was detected as change in electrophoretic mobility of the single-stranded DNA compared with the wild type (M. tubercuZosisH37Rv strain) control. The result showed that mobility shifts were found in all seven ciprofloxacin-resistant isolates, whereas the ciprofloxacin-sensitive isolates all showed identical migration pattern compared with control. The resistant isolates have two different migration patterns. These differences were possibly due to different type of base substitution occurred within the mutant DNA fragment. From the result above, we conclude that this technique is simple, rapid and usefbl method for the detecting resistance of M. tuberculosis against ciprofloxacin which was associated with mutation within gyrA gene. Thus, this technique can be used as an alternative method to determine the susceptibility of M,tuberculosis against ciprofloxacin and other quinolones antibiotics.

Kata Kunci : Tuberkulosis Paru,Resistensi Obat,Obat Siprofloksasin,gyrA,M. tuberculosis,ciprofloxacin,resistant,SSCP