KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 6 (ND6) PADA Tarsius bancanus DAN Tarsius spectrum

HANUNG PERTIWI, Dr. drh. Rini Widayanti, M.P.

2013 | Skripsi | KEDOKTERAN HEWAN

Tarsius merupakan salah satu primata endemik Indonesia yang keberadaannya terancam punah. Upaya konservasi secara in-situ dan ex-situ pada primata ini akan memperoleh hasil yang lebih sempurna apabila keragaman genetiknya diketahui dengan pasti. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman genetik pada Tarsius sp. berdasarkan sekuen penyusun gen penyandi NADH dehydrogenase Sub-unit 6 (ND6). Sampel DNA diisolasi dari jaringan otot T. bancanus dan T. spectrum. Sampel DNA kemudian di amplifikasi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer ND6 Forward dan ND6 Reverse untuk T. bancanus dan primer ND6 Forward (lama) dan ND6 Reverse. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 566 basepair (bp) (T. bancanus) dan 629 bp (T. spectrum) yang kemudian dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing segmen gen ND6 selanjutnya dianalisis menggunakan MEGA versi 5.05 dan dibandingkan dengan beberapa spesies Tarsius sp. lain yang diambil dari Genbank. Hasil analisis diperoleh 118 situs nukleotida yang berbeda dan 40 situs asam amino yang berbeda. Rata-rata jarak gentik berdasarkan sekuen nukleotida sebesar 14% dan berdasarkan sekuen asam amino sebesar 15%. Konstruksi pohon filogenetik berdasarkan sekuen nukleotida dan asam amino den ND6 menggunakan metode Neighbor-Joining dengan nilai bootstrap 1000 kali dapat membedakan antara T. bancanus (asal Kalimantan) dan T. spectrum (asal Sulawesi Utara).

Tarsius is an endemic primate in Indonesia but is is getting threatened. Insitu and ex-situ conservation of this primate would yield better results when its genetic information and diversity determined. The main objective of this research is to analyze the genetic diversity in Tarsius sp. based on sequences of NADH dehydrogenase sub-unit 6 (ND6) encoding gene.The DNA samples were isolated from muscle of T. bancanus and T. spectrum. Samples then amplificated with Polymerase Chain Reaction (PCR) technique used ND6 Foward and ND6 Reverse primer for T. bancanus samples and ND6 Foward lama and ND6 Reverse primer for T. spectrum samples. The PCR reaction produced 566 base pair (bp) (T. bancanus) and 629 bp (T. spectrum) which than sequenced. Sequencing result then analyzed using MEGA 5.05 version program and compared with some other Tarsius sp. species obtained from Genbank. Result of this research showed there were 118 sites of different nucleotides and 40 different amino acid sites. The average distance of genetic based on nucleotide sequence was 14% and based on amino acid sequence was 15%. Construction of phylogeny tree based on nucleotide and amino acid of ND6 gene with Neighbor-Joining method with bootstrap values 1000 times was able to distinguish between T. bancanus (from Kalimantan) and T. spectrum (from North Sulawesi).

Kata Kunci : Tarsius sp., T. bancanus, T. spectrum, ND6, nukleotida